胃肠是消化食物的主要器官，它们把人们吃进去的各种各样的食物转变成最简单的形式，成为身体能够吸收的养料，但是，由于各种食物的洁净程度不一，一些食物之间还会产生拮抗作用，肠胃的消化功能也就时好时坏，对身体健康影响很大。
进场进行跑步锻炼能提高肠胃的消化功能，健身跑使肌肉的运动加强了，除了向心血管、肌肉以及呼吸系统输送氧气外，还要给肠胃提供氧气和营养物质，这样，肠胃消化腺体分泌的消化液就增多了，肠道的蠕动也加强了，肠胃的血液循环得到了改善。由于以上的变化，使得食物的消化和营养物质的吸收在肠胃中进行得更加顺利和充分。
健身跑的过程中，由于呼吸的加深、加快，使隔肌大幅度的上下移动，腹肌也不断活动，对肠胃会产生一种按摩作用，从而对加强肠胃的消化功能有良好的影响。
在国外的研究中，专业人员曾指导过有胃溃疡的人进行跑步锻炼，发现跑步能防止胃溃疡病的复发。这是因为人的心情紧张，胃酸就会分泌多，而胃酸多是胃溃疡以及十二指肠溃疡的主要原因之一，因为胃酸能侵蚀胃和十二指肠的粘膜。进场进行跑步锻炼的人，能减少胃液和胃酸的分泌，有效地防止溃疡以及十二指肠溃疡。