《故事中的故事》中反复的音乐主题也对气氛的营造起到了至关重要的作用。《故事中的故事》引用了J.S.巴赫和莫扎特的音乐形成怀旧和优雅的气息。巴赫的巴洛克风格音乐和莫扎特的古典主义音乐恰如其分地营造了影片的基调。片中贯穿始终的有两首乐曲,一首是30年代爵士风格的Burnt By The Sun,另一首由俄国摇篮曲改编的歌谣,中性的声音反复低吟浅唱:"睡吧,孩子,别睡得太靠床边,要不然小灰狼会在你睡熟时,把你偷走,带到黑暗的树林里..."。(Sleep, baby, but don't lie too close to the edge of the bed, or the little wolf will steal you while you sleep and take you into the dark woods.)这首摇篮曲对这部没有对白的影片来说,起到了提纲式的作用。尤里-诺尔斯金在接受采访时也说,《故事中的故事》的主角就是那只小灰狼,或者,我认为,还有那首摇篮曲。影片开始于摇篮曲中,摇篮曲中的小灰狼看着将睡的孩子。而在影片最后,小灰狼偷走了一个发光的卷轴,而那卷轴也变成了婴儿,在丛林里小灰狼唱着摇篮曲哄孩子入睡。在最后的这个段落,早被我们成年人遗忘的传说、现实的过往、关于童年的淡淡记忆,交织在一起,让人潸然泪下。