烟台南山学院实行三级建制、两级管理。校院两级机构承担行政管理职责,系(部、中心)突出学术职能。学校现建有工学院、商学院、人文学院、航空学院四个二级学院,工学院下设材料系、纺织系、机械系、电气与电子工程系、计算机系、食品科学与工程系、数学物理教学部、机械工程实验中心、电气信息实验中心;商学院下设管理科学与工程系、工商管理系、市场营销系、财会金融系、物流管理与工程系、旅游管理系、国际商学系;人文学院下设外语系、艺术设计系、音乐系、社会科学教学部、文史哲研究中心、公共体育教学部。学校开设78个本专科专业,现有全日制在校生2万余人。学校还建有继续教育中心和应用技术学院,负责技能型人才培养、成人教育、自考教育、业余教育、函授教育、社会培训等工作。