星际联盟与星际战争中，文明之间的联合与对抗、和解与背叛，其原因也不再是我们熟悉的基于各种资源的利益，而是物理规则的不同。
能够对物理规则进行修饰的文明才算得上是成熟的文明。从此以后，文明便脱离了黑暗森林的摇篮，开始真正的星际议程。
由于不同的物理规则服从不同的数学规律，数学规律可以用矩阵来表示，我们用不同的矩阵来代表不同的物理规则。
当相当多的文明处于完全不同的矩阵中，不同矩阵之间会发生各种不同的相互作用。也许彼此完全可以忽略对方的存在，也许会发生强烈的相互作用，也许彼此进入对方矩阵后经过一个温和的适应过程就能在对方的矩阵中很好地生存，也许两个矩阵之间会形成一个生命禁区，也许会产生新的矩阵。这就造成了不同矩阵之间的联盟与对抗。
另一方面，如果是在黑暗森林体系中，对自身矩阵的保密比对文明坐标的保密更加重要。即便是暴露了文明坐标，打击也未必有效。而一旦知道矩阵的参数细节，即使不知道文明坐标，只要采取某种全息的共振技术就能进行打击。
而宇宙中有太多的奥秘，无论多么先进的文明都无法完全知晓。两个原本和谐相处的矩阵后来可能发生冲突，而原本水火不容的矩阵也有可能在经过了一系列激烈的相互作用后又变得兼容。这就造成了文明之间的背叛与和解。
某些先进文明中也许就连步兵武器也能像释放魔法一样改变一小块区域的物理规则。而对物理规则变化的警惕和有意识的干预是每个成熟文明的必备素质。