灵芝多糖由三股单糖链构成，其构型与DNA、RNA相似，是一种螺旋状立体构型物，螺旋层之间主要以氢键固定。灵芝多糖在单糖组成、糖苷键构型、分子量、旋光度、溶解度等某些理化性质方面存在显著差异。在已提取到的有200多种灵芝多糖中，大多数是异多糖，即除含有葡萄糖外，还含有半乳糖、甘露糖、阿拉伯糖、木糖、岩藻糖、鼠李糖等其它单糖;由于来源不同，分子量可从数万到数十万不等，多数伴有分支，部分多糖还含有肽链。
　　灵芝多糖体对温度很敏感，是热敏性物质，大多不溶于高浓度酒精，而溶于热水。温度升高，会引起灵芝多糖的降解，多糖体中糖苷键易断裂而形成多个唐单体，而唐单体是没有活性的。现在提取灵芝多糖多采用膜分离法，整个过程在密闭系统中进行，无需加热，避免和减轻了热和氧对灵芝多糖营养成分的影响。
　　灵芝结构紧密，具有较好的维持力，灵芝多糖存在于细胞壁内，较难渗出。研究人员利用超声波高频振荡产生“空化效应”能破灵芝结构的维持力，是灵芝的结构层发生变化，扩大透析膜径，使细胞壁上的多糖尽快释放。
　　研究发现，灵芝多糖的活性与其聚合度及分子量有关，在分子量较高的片段活性较强;另外，还与其溶解度、黏度等理化性质有关。有资料表明，灵芝多糖的活性与其某些特定的基团有关。灵芝多糖的活性是指其所特有的药学特性和活力，是显示生物治疗作用的具体体现。