黑组织首领身份的猜测，一直集中在旧剧情人物和未出现新人物两点上。一份据说是2006年青山刚昌访谈的文章使第一种观点获得了较多支持。目前，就第一种观点，人们普遍认为黑组织首领会出自以下几个人物：

 【黑羽盗一】  
 
 在工藤新一NY事件中，我们得知有希子和贝尔摩德是在一个著名日本魔术师手下成为同门师姐妹，这个魔术师教会了她们化妆术，并多交了贝尔摩德一项技艺：变声。所以莎朗（即贝尔摩得）成功地化妆为警长替有希子解了围。  
这样一个会变声的魔术师是谁？难道不是黑羽盗一吗？  
这样一想，黑羽盗一便存在着许多嫌疑。  
他是宠爱贝尔摩德的，否则不会只教给她变声术，却不教给有希子。 
七个孩子的信息指明了乌鸦，乌鸦的羽毛是黑色的，自然是黑羽。  
从“工藤新一小时候的冒险”中，我们发现黑羽似乎是一个很冷冽的人，鬼鬼祟祟潜入图书馆，给新一下战书，并用匕首把战书钉在墙上，不能不说这是一种诡异。  
盗一一开始就很少正面出现，73也未明确盗一已死，只是失踪，另一部漫画《魔术快斗》里，说快斗的父亲是因为一个黑衣组织才销声匿迹，可能是他通过这个组织把自己隐藏起来，只是失踪了一样。 

【工藤优作】 
新一的父亲也是怀疑对象。他具有超过柯南的推理能力，还有在美国的神秘生活。组织磁盘中存有以他作品主人公命名的"暗夜男爵"病毒，还有他的妻子有希子是组织成员苦艾酒的好友。种种迹象表明，工藤优作和组织似乎也有一些瓜葛。另外柯南每每能够在与组织对抗的绝境中不可思议的逃生，是不是因为组织成员得到优作的授意不得伤害柯南呢？那也不怎么可能,如果真是这样,为什么琴又要灌他毒药呢? 

【詹姆士探员】  
 作为赤井秀一和朱蒂的上司，FBI探员詹姆士也有些奇怪的地方。例如在他初登场时，柯南注意到他的名字和莫里亚蒂教授同名而且生于伦敦，同时又来自曾经黑帮横行的芝加哥，而姓氏恰恰是英语的单词"黑"（全名James Black 詹姆士.布莱克）。之后詹姆士也有一些奇怪的行为，使人产生一些联想。