民国27年4月15日(1938年5月14日),日军南路占领合肥;日军北路于6月4日占领淮南煤矿。县境淮南铁路(已破坏)沿线,驻有第五战区桂军一三八师坚持抵抗,日军时有骚扰,未正式占领。民国29年,经过几次激战,一三八师撤守。7月,县境沦入敌手。这一时期在县境坚持敌后抗日的武装,先后有共产党领导的皖北抗日游击大队和新四军江北游击纵队特务营;属第五战区序列的有桂军一三八师,一七二师和皖北人民抗日自卫军第一路第二支队(后加入新四军改编为新八团)、第十三抗日游击纵队等。民国30年4月,新四军二师派六旅十八团四连,由团政治处主任杨效椿率领,配合中共寿县县委10余人,计70多人,进入淮南铁路西开展抗日游击战。为便于统一领导,组织了淮西军政委员会,杨效椿任主任。民国31年,以十八团四连为基础,编入部分区、乡游击队,成立淮西独立团,在北起淮河、南到合肥四十铺,东起淮南铁路,西到瓦埠湖的区域内进行抗日游击战,直至日军投降。在整个抗日期间,县境内共产党领导的人民武装与国民党军队之间,既有短暂的共同抗日的一面,又有挑起摩擦与反摩擦的一面,其间共发生大小战事数十起,现摘记16起。