这是一所处于东京的日本学校，本是一所风气良好，师资丰厚的学校。妖怪却时常进入其中作祟，起初只是一些学生见到了黑影出没，闹得学校人心惶惶。渐渐的，有学生因为妖怪的蛊惑，开始打架，纵酒，而妖怪顺势趁虚而入，还有妖怪隐藏在学生中，竟出现了学生死亡事件。
校方请来了道士希望能镇压住这些妖怪，却无法完全除去这些妖怪。情急之下，校长只能用“妖怪不得伤害同学”的条件，暂时允许了妖怪在学生中的存在，人妖共处的状态持续了一些年。
其实，校长在暗中训练了一些学生，让他们成为“除妖师”，能够看出妖怪的真身，暗中杀死这些妖怪，人妖暗中的对峙也渐渐展开了。
妖怪的真实目的究竟是什么？除妖师能不能真正除掉这些妖怪呢？普通学生真的只是普通学生吗？这所学校的命运，究竟会如何呢？
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