一，种子与阿赖耶识自体分，是两回事。如墙上各种各样的花纹与墙体。
种子是现行法的种子依，阿赖耶识自体分是现行法的根本依。
根本依缘在中观四缘上，属于增上缘的范畴。
二，说现行法源于阿赖耶识，只是含糊不清的大致说法。
说现行法是种子因缘的果法，才是对的。
种子不是阿赖耶识自体分，（既使心识的）种子也没有觉知，种子也不能持种。
三，阿赖耶识自体分摄种子与根身为自体。所以，种子逢缘现行为根身器界时，阿赖耶识自己是以为是它自己生出万法的，六识无慧时看到这个情况也会这样认为。
四，阿赖耶识只摄藏杂染种。
清净种，如混水入乳般，与阿赖耶识相依而存。间接依阿赖耶识而存而转的。
五，渐教中，六识突破自己的我法二执无明，先成无漏，然后六识扭转七识成平等性智。
当七识在八地时彻底没有我执现行了，它映投在六识身上的俱生执的内容也就没有了。
所以，六七二净识，是互促互进，一块儿次第进步的。
然后它们再一块儿合力扭转阿赖耶识的。
第八识彻底扭转后，第八识才能自由自在当家做主的不再受熏，并且断尽一切有漏种子，成为具有一切智智（大圆镜智）的无垢识。
无垢识可以自由的作意于它所摄藏的种种无漏诸法种子，能够使种子警动而逢缘现行，成为彻底纯无漏的前七识与根身器界。此时，四大根身才彻底转变。
六，摄根身为自体的是阿赖耶识，七识也自然接受了阿赖耶识的这个认识。这是俱生身见。
俱生身见与俱生“我”见，不是一回事。
俱生常我见，纯是末那识自己的无明造成的。
七，等无间缘，是只有心法现行时才有的缘。色法现行不需要这个缘。
各识的等无间缘，是各识自己的前念现行，望后念现行，在腾出现行的位置上而言的。
比如眼识，它的等无间缘，是前念刹那现行的眼识，而不是其它识。
八，根身器界与前七识，不论是杂染有漏的还是清净无漏的，都是由相应染净的第八识中相应的染净种子逢缘的现行。
就是无垢识，也是由净第八识种子的逢缘现行。
九，唯识学上说的阿赖耶识，只是杂染生灭法。
唯识学上的阿赖耶识，它只摄藏杂染法的种子。
清净种间接依阿赖耶识而存，如染色于墙、混水入乳，和合似一的相依而存。
无垢识只摄藏无漏诸法种子。
十，阿赖耶识是前七识的根本依缘，其中，阿赖耶识与末那识又是互为根缘（具有依）。
七识的无明执障引生了阿赖耶识这个妄念。
十一，八个染识中，阿赖耶识，同时意识，五识，它们对它们的相分的认识是世俗现量，是变而不异的。
后得智对万法真相的认识也是变而不异的，但这个比世俗现量又高一层次了。
这一点，可以用六识自体分的世俗现量与净六识的后得智的认识来比较。后得智认识的是如梦如幻的宛然法象。
独头意识的认识，通现、比、非三量。
染七识的认识，全只是非量。
根本智对空性的认识，是胜义胜义，是不变不异的。它证悟空性时，并无有一个证悟空性的真心。无能无所。
万法皆无，只是一个无住觉性。
十二，“一切种，在成唯识论，名为此识因相，亦通一切位，在佛位可名一切无漏法种子识。”
“由根本智起后得时，依内证法及教法之力，地地修证增进此根本智，至成佛时破漏、无漏种和合共依之无覆无记一类相续异熟心相，显现清净法身──真如及庵摩罗识一切无漏种──圆成四智菩提，曰智净相。”
第八识，不论是凡夫的阿赖耶识，还是菩萨的异熟识，还是佛的无漏识，都是一切种子识，都是与相应性质的种子相依的。
阿赖耶识摄藏一切杂染种，与清净种相依。
异熟识也是与有漏、无漏种和合共依的第八识。
无垢识摄藏一切无漏种子。
如果认为无垢识不再依赖无漏种子而能够自己现行诸法，就违反缘起义而成外道见了。
十三，阿赖耶识无覆无记。
无覆是指阿赖耶识没有计执，不会防碍证空性。阿赖耶识摄根身为自身，只是应业力而为，待一期业报结束，它自然不会再摄持根身为自体了。阿赖耶识既然摄持根身为自体，它只有世俗现量，没有胜义智慧，不知种子根身皆本来空寂，所以它跳不出去，也就与根身安危与共了，同尝根身种种苦乐。
无记，是说阿赖耶识对种子没有区分善恶的能力，不知道有漏种子是需要断尽的，（无垢识就不是这样的了）它只是一味摄持一切杂染种。
阿赖耶识的无记，只是指它不分辨种子的善恶，这与它摄持根身为自体是两件事情。
另外，因为种子不是识，所以种子也不是无记的。种子只是种子，是某种功能差别。
把阿赖耶识自体分与种子混为一谈，是严重的错误。
十四，阿赖耶是藏义。
藏义有三：
能藏，是指能含藏杂染种子。
所藏，又有二义：种子是阿赖耶识的所藏；阿赖耶识自身也被现行的前七识、根身器界所藏而不见。阿赖耶识“于身摄受藏隐，同安危义”这一句也就是这个意思。
我爱执藏，被染七识执其见分为真我而贪执不舍不放。
十五，阿赖耶识，只能见到根身器界种子。这是它的相分。
无垢识，是自由的识，没有任何无明了，也能分辨种子的有漏无漏了，能自主当家不再受前七识熏习了，它的认识对象的阵营也应该扩大了。

第八识的地盘如一个国土，阿赖耶识，异熟识，无垢识，等于是次第在这个国土上建立起来的国家与政权。
清净种等于是潜伏在阿赖耶识这个政权之外的地下党，它潜伏在阿赖耶识统治的第八识国土地盘内，游于阿赖耶识这个朝廷政权机构的外围，伺机而动，准备推翻阿赖耶识这个政权机构。
最后，它也成功了。它把阿赖耶识这个朝廷政权所有的机构（一切有漏种）都推翻了，把这个国家朝廷的国王（阿赖耶识自体分）也推翻了。
然后，无垢识作为新的国王，在第八识地盘这个国土上，建立起来了新的一套朝廷政权机构组织（一切无漏种）。
这个国土中的人民与资源（喻前七识与根身器界）都焕然一新，与新的国王与朝廷一样，都成为了新的国家身份属性的人民与资源。

问：阿赖耶识，前无所始，后无所终，它是不是宇宙的本体？
答：不是，是众生心识中最富有变似功能力的一种识体，这识体亦为一切众生无始以来的无明业感的生灭法。

阿赖耶识，是如来藏随染缘而成的一个妄念。
法藏大师语。
清净如来藏，世间阿赖耶。如金与指环。
阿赖耶识，只是如来藏这个金子随缘成的一个环相。
环相，随缘而刹那生灭不息。

在唯识学上，阿赖耶识只是杂染识。
在起信论中，阿赖耶识这个名言的涵义就与唯识学上的阿赖耶识的涵义不同了，它是指真妄和合的。

杂染阿赖耶识，只摄藏一切杂染种子。
清净种间接寄于阿赖耶识。如以水混乳。相依同处而转，如水乳和合似一，其实非一。
无垢识摄藏一切无漏种。
阿赖耶识与杂染种的关系，如梅花鹿与它身上的各个斑点。杂染种是杂染现行法熏刻在阿赖耶识自体分上的印迹。
阿赖耶识与清净种的关系，如梅花鹿与它身上染上了的一层亮色，和合似一，其实非一。
摄大乘论：清净种非阿赖耶识，与阿赖耶识相违，非阿赖耶识所摄，是对治阿赖耶识的极清净现行法之种性。

种子，初看，来于阿赖耶识体上。种子现行为万法，也让人会误以为是阿赖耶识生出了万法。
但再往前看，阿赖耶识体上的种子又来源于曾现行的诸法。
阿赖耶识只是一个仓库，是保管与贮藏种子的地方。
现行法在它身上熏刻下种子，与种子逢缘现行，它都管不了，不当家。它只是了知它们，管理、持藏它们。
所以，万法现行，种子是因缘，作为保管种子的仓库的阿赖耶识只是增上缘。

阿赖耶识摄持种子是自体，所以它自己自然是认为万法是它生的。
这是它的无明。
它并不能如实知道，种子是种种现行法留在它身上的印迹。
留下印迹与种子逢缘现行，这些事都不是它能管的。
它不当家。
这也就是它的无明的表现。

阿赖耶识只是一个了知与管理持藏种子的仓库。
它对种子是无记的，没有挑捡，不分善恶。
阿赖耶识，在种子现行的过程上，只是作为根本依缘的增上缘。
它不是万法的来源。
说它是万法的来源，只是误解。因为，它体上的种子并不是它自己造的，而是现行诸法熏习成的。
它只是一个保管种子的仓库。
作为仓库，能说它是万法的来源吗。
如果这样认为，那也太表面化了。
那就是只知其一，不知其二了。
阿赖耶识作为管理杂染法种子的仓库，它是种子的依靠、所依止。所以把阿赖耶识叫做杂染万法的根本依缘。
阿赖耶识是种子的依靠，种子又是万法的依靠。
因为万法，只是种子的逢缘现行。

根本依缘，属于中观四缘中的增上缘中的一种。

佛法是法界缘起论。
不可以把阿赖耶识认为是万法的本源、第一因。
它只是一个功能很好的仓库型的中间环节。
万法缘起，无始无终，无边无中，毕竟空而统一切有，空幻一如，性相不二，法法皆一真法界，无碍圆融。

个人认识，仅供参考。

等有空的时候好好看看。