生物能源较传统能源来说具有如下几方面优势：
其一，能源的来源具有多样性且较容易获取。例如，农业生产所产生的农作物秸秆，动物的粪便，工业生产和生活中所排放的有机垃圾，大量的富含能源的动植物等，这些原料在自然界中含量丰富，获取方便，且具备可以再生的优点。
其二，能源成品种类丰富，可为工业生产提供多种选择。通过生物转化技术所制造出来的能源可以呈现不同种类的表现形式，例如沼气，乙醇。能源以及各种固态能源物质，这些能源可以广泛应用于工业生产中，而且不会对环境造成任何污染，同时使工农业生产中的废弃物实现循环再利用，真正实现了变废为宝。
其三，新型生物能源的生产和制造过程中，能够有效带动相关生产行业的发展，不仅能够降低工业生产成本，而且还能促进农民的增产增收，有利于缩小农村和城市的贫富差距。最后，生物能源具有可循环再利用的优点，由于其原料来源是自然界中的有机生物，因此，可以促进植物对于二氧化碳的吸收，将不利化为有利。