很有趣的问题，我觉得是因为他需要干涉，他需要干涉才能够提取数据，但是他一旦干涉了那记录就会发生改变，正如他和直实在公交上说的那样

哦哦哦！才想起来，另一个原因是因为需要达到爱上直实的条件，也就几乎是雷击时的同一时间，所以必须得阻止雷击才可能顺利传输，也就必须干涉直实了。很有趣的问题，有时间我再多想想

哈哈，才发现这个问题自己之前在解析贴里解答过了，直接粘贴原文在这里吧
为什么Ruri不直接创造一个一摸一样的世界，并在事故前将Naomi传输到现实呢？因为这样做的Naomi已经失败了，且将一位16岁少年的心智传输到36岁的身体里，面对36岁的Ruri，这并不是Ruri想要的结果。所以Ruri才会大费周章创造了与现实不同的表世界，为的就是让Naomi在传输时不会发生那样的问题。

Misuzu开头说过Naomi的技术不成熟，所以Naomi尽管知道两个世界是一致的，但他仍然不信任直实，因为他不能确保心灵和行为走向也是一致的，又或者他只有通过干涉才能进行传输，且不能像Ruri那样化身高科技手套进行传输，以上应该就是他为什么大费周章这么做的原因了

我认为是这样的，如果表世界男主只提取雷劈前的女主数据。虽然女主也会苏醒，但在表世界男主刚刚得到女主后，女主就会被修复机器人当作target杀死（就像电影那样），就算小男主被金毛乌鸦带到表世界，获得了神之手，也会因为对神之手用的不熟练而失败。这样，男主也就永远无法为心爱人而幸福牺牲了，也就再也无法回到现实世界。。。
结合if，女主实验了12次，所以，现实女主应该遇到过这种情况，最终以失败而告终。所以，女主大概率是封锁了男主的科技，导致其无法准确提取到雷劈前的女主，而是把自己代入到相恋3个月前的世界，如电影中那样。电影中展示的那一回，男主心软替小男主造书，而引出了一系列的事情，最终有了一个he。这是偶然，也是必然。