首先是燕说自己是不能飞的燕子这一段，健和翔太的回答突出了二人属性的不同。健的回复是：燕只是没有能让燕振翅的风而已，他会成为风，翔太的回复是：燕没必要勉强自己挥动受伤的羽翼，在燕可以再次飞翔之前，可以落在大地上休养生息、恢复体力，大地会容许燕的存在，等燕可以展翅高飞时再尽情飞翔就行。
这是我个人认为比较精彩的一段，对于燕的问题，健和翔太依据自己的属性（健为风，而翔太为大地），给出了燕不同的解决方案。

《傍晚的空气中萦音留香》似乎更详细地解释了燕烧毁朝风庄的心路历程，燕线只说燕因为觉得害怕、所以想要破坏，“就像毁掉这个沙堡一样”，《傍晚的空气中萦音留香》中燕说的更加直白，在仅有的幸福的回忆被破坏后，燕非常害怕再次被破坏掉幸福，所以决定在被夺走幸福前亲手毁掉一切，她无法控制住自己亲手消除一切的愿望。
由于这段对话，我认为燕good end里虽然翔太说朝风庄是他烧的，但翔太其实是在为燕顶罪，因为燕远比翔太有作案动机，还明确提到她无法停下来了，而翔太只是想自焚而已，他没有烧掉朝风庄的作案动机，翔太在燕good end里是想在死前抗下燕的纵火罪。
而《傍晚的空气中萦音留香》中，由于燕对自己的心理状况交代的更直白，所以翔太对燕做出了劝解，燕最终心结有所缓解，所以没有纵火烧朝风庄，可喜可贺。

然后是结尾的点题。燕线里健的发言是，燕无论如何都不能放弃飞翔，因为飞翔是鸟儿的自由，而他要成为燕的风。翔太的发言是，飞翔是鸟儿的自由，但休养生息也是，燕或许迟早有一天要离开，但他想在燕乘风离开前一直守望着燕（对应燕的发言：大地只是默默地守望着一切）。
同样是健和翔太结合自身属性来点题，但燕对健的回答是，我需要一段风平浪静的时间，而面对翔太，燕直接笑着答应了，所以如果把秋2视为以燕为女主角的乙女游戏，存在健线和翔太线，也许燕更倾向于选择翔太线？

最后就是一些无关紧要的内容了。由于《傍晚的空气中萦音留香》中有更多翔太和南朱雀直接对峙的情节，所以更直接地展现了朱雀的癫狂，各种“燕是我的！”的奇怪发言，还有那句“你就这么想破坏我和燕吗？”，这句话让我觉得非常无语，我想跟朱雀说一句“强扭的瓜不甜”，又觉得这种话用在处理父女关系之中太奇怪。

相较于《傍晚的空气中萦音留香》，燕线对朱雀的描绘要更加隐晦，但是也更加变态。燕线中暗示了一件事，之所以健第一次问燕宇和岛真红是谁时燕回答说是她未婚夫，是因为燕不得不这么说。在燕告诉健朱雀其实是她爸爸时，健因想到了某种过于残酷的可能性而气得头晕目眩、浑身颤抖，或许这段剧情是在暗示燕一直被朱雀逼着说朱雀是她未婚夫。倒也符合逻辑，毕竟朱雀拷问燕是想找妻子的影子，随着燕学会钢琴、越长越大，也越来越像朱雀的妻子了，朱雀自然就真的拿燕当老婆了。
而且燕还提到一件事：虽然她从小失去自由，没有一分一秒能为自己用，但真正的拷问是从15岁开始，这是朱雀在燕15岁时开始逼着燕把他当未婚夫的意思吗？知名教授逼迫15岁花季少女跟自己搞对象，还在公共场合暴揍小学生翔太，噫——

end

楼主对两篇文本的对比分析很赞。
正篇的GE中，翔太到也没说他放火，只是他出现在那比较容易让人这样想，两条线都是南燕纵火基本没太大疑问。
不过，我觉得翔太的GE发展也是不合理的。一方面是它的后半段完全脱离了正篇的支撑；更重要的是燕是萤篇ED唯一交代去向的女主，就这一点来看，如果健不进燕线，南燕最后的去向就只能是离开朝风庄了。

我记得本篇里翔太说是自己放的火应该是翻译造成的乌龙。
参考：
2代南燕线一处两个版本的不同翻译

赞

感叹一下，以前的游戏是可以为一个男配写如此详尽的番外的，放现在这个环境已经是不可能了

鬼父再现