一、财政部：
1、上海财经大学，2000年由财政部划转教育部直属，2012年教育部、财政部、上海市人民政府签署共建协议。
2、中央财经大学，2000年由财政部划转教育部直属，2012年教育部、财政部、北京市人民政府签署共建协议。
3、中南财经大学（现名：中南财经政法大学），2000年与中南政法学院合并为中南财经政法大学并划转教育部直属，2012年教育部、财政部、湖北省人民政府签署共建协议。
4、东北财经大学，2000年划转辽宁省，2012年成为财政部、教育部、辽宁省人民政府共建高校。
5、江西财经大学，2000年划转江西省，2012年成为财政部、教育部、江西省人民政府共建高校。
6、山东财政学院（现名：山东财经大学），2000年划转山东省，2011年与山东经济学院合并为山东财经大学，2012年成为财政部、教育部、山东省人民政府共建高校。
二、对外贸易经济合作部（2003年撤销，职能划归新组建的商务部）：
对外经济经贸大学，2000年与中国金融学院合并为新的对外经济贸易大学并划转教育部直属，2010年教育部与商务部签署共建协议。
三、中国人民银行：
1、西南财经大学，2000年划转教育部直属。
2、湖南财经学院（现名：湖南大学），2000年与教育部直属的湖南大学合并为仍直属于教育部的新的湖南大学，2001年湖南大学成为985高校，2011年教育部、国家国防科技工业局、湖南省人民政府签署共建协议。
3、陕西财经学院（现名：西安交通大学），2000年与卫生部直属的西安医科大学、教育部直属的西安交通大学合并为仍直属于教育部的新的西安交通大学，1999年原西安交通大学成为985高校。
4、中国金融学院（现名：对外经济贸易大学），2000年与对外经济贸易大学合并为新的对外经济贸易大学并划转教育部直属，2010年教育部与商务部签署共建协议。
点评：原财政部直属6校，3校单独划转教育部后又共建，3校单独划转省属后又共建；原外经贸部直属1校，划转教育部后又共建；央行所属4校，1校单独划转教育部，3校合并入他校（其中2校成为985高校的一部分），但均未参与共建，央行不再参与教育。