第一章：长路始焉

故事从99号避难厩开始。这座避难厩以一种畸形的状态一直运转到现在。居民主要由雌驹组成——少量的雄驹仅用于繁殖，甚至没有名字或可爱标记。黑杰克，一匹卫兵母马，发现其中一只雄驹P-21试图从维修隧道逃跑，她将其带到安保部。在路上，雏菊和果酱（另外两只卫兵母马）殴打了P-21，他的腿留下了永久性损伤。黑杰克与P-21一起被监督锁住，后者在少数卫兵母马的帮助下接管了避难厩。黑杰克坐在牢房里，听着P-21录下的语音日志。她得知监督与避难厩科技取得了联系，对方称走出地表十分安全。复合胶（一匹维修母马）打开了避难厩的门，发现了一个神秘的文件：EC-1101，这个文件本应交给避难厩科技。P-21解开了牢房的锁。黑杰克找到了午夜，询问EC-1101的位置——这份文件可以从一号维修室访问，需要转移（而不是复制）到哔哔小马上。与此同时，掠夺者与天王和U-21一起抵达了避难厩。黑杰克把自己伪装成掠夺者。她在避难厩入口附近看到了天王和U-21，并得知他们在追寻EC-1101。她决定把文件带到避难厩外面，把掠夺者引走，拯救她的避难厩。她在一号维修室访问附近与P-21会面，P-21将EC-1101和一些监督的文件一起转移到她的哔哔小马上。黑杰克在P-21、天王和掠夺者的追击下逃离了99号避难厩。

第二章：信任所系

黑杰克和P-21正在逃命。机械精灵帮他们躲了起来，称自己是守望者，并建议他们向西走。黑杰克和P-21抵达洪水平原，那里有一个小农场，黑杰克在终端上阅读了霍斯的日记。他们把史密斯婆婆和霍斯一起埋葬了，黑杰克在婆婆的蹄子上发现了苹果杰克小雕像。U-21带着一帮入侵者来了（他追踪到了黑杰克哔哔小马的位置）。黑杰克干掉了其它入侵者，但放过了U-21（甚至给了他一剂治疗药剂）。黑杰克和P-21继续向西行进。他们到达了伴行镇，在那里他们发现了一个掠夺者的窝点。他们干掉了掠夺者，救出了六名童子军战士。守望者出现了，并承认他故意把他们送到这里来清除掠夺者。

第三章：学习曲线

童子军教黑杰克和P-21一些在废土生存的基本知识——瓶盖、修理、派系和地点。童子军与黑杰克和P-21一起前行，他们进入了喙灵顿，穿过埋骨之地。黑杰克不听童子军的警告，试图搜刮物资——这唤醒了尸鬼，导致童子军小璐被尸鬼杀害。白银勺勺出现了，其他尸鬼马上退开了。黑杰克和她聊天，受了大量辐射，但剩下的小马都安全逃走了。童子军随后在路上的某个地方与黑杰克和P-21分开了。黑杰克和P-21前往麦金塔湖的一座老农舍，黑杰克患上了辐射病，而P-21则在收集物资。在某个时候，守望者出现，问了黑杰克一个问题——“废土终于到了让你崩溃的临界点了吗？”。黑杰克问守望者自己该怎么做，守望者让她去弥补过错，尽力做得更好。黑杰克在麦金塔湖的一个小岛上与短吻鳄搏斗，并在一辆坠毁的马车上发现了一些辐特宁，这有助于治愈她的辐射中毒。

第四章：素翼纯心

黑杰克和P-21在旅行时听监督的日志——他们了解到天王为血色工作，是监督杀害了复合胶。他们与一些机器马战斗，找到了四号气象监控站，然后在里面与更多的机器马战斗。黑杰克发现晨辉，这只体型娇小的天马被吓坏了，躲在架子后面。晨辉朝黑杰克的脸开枪（因为黑杰克的眼睛在发光）。黑杰克和P-21收听了天马骨骇的音频日志。晨辉做了自我介绍——她是英克雷志愿军的成员。这项倡议本应协助恢复与地表的联系并帮助地面上的小马，但晨辉遇到的第一批小马是掠夺者，他们干掉了一半的志愿军。另一半在返回气象监控站时被安保系统杀死。只有晨辉活了下来，现在她无处可去，加入了黑杰克一行。他们前往多纳乔的甜甜圈店，黑杰克在晨辉的帮助下干掉了几个掠夺者。他们在拖车残骸里过夜，黑杰克在广播里听到DJ Pon3提到了她清除掠夺者的事情。DJ给她起了个绰号——废土卫兵。

第五章 枪火铸金

黑杰克、晨辉和P-21抵达交易中心：大集市，与其经理瓶盖子会面。黑杰克得知解密EC-1101需要一万瓶盖。瓶盖子向他们展示了一个公告牌，上面有公开悬赏令，黑杰克问到如何治愈P-21的腿，瓶盖子称小蝶医疗中心也许可以。黑杰克在骨锯的诊所痊愈。晨辉提出了一个备用的解密方案——去天港，让英克雷来解密。她还谈了英克雷的历史。P-21从公告牌上选了3个任务——收集辐射蝎的毒腺，从铁蹄军工拿到组件和蓝图，赶走占据小蝶医疗中心的家伙。黑杰克一行离开了大集市前去收集毒腺，与巨型辐射蝎战斗时晨辉受伤中毒，她需要实验室的设备来给自己制作解药。小队前往铁蹄军工厂，与一些机器人战斗后找到了一个实验室，P-21在那里制造了解药。与此同时，黑杰克继续探索实验室，找到了一些特殊弹药。她还发现了驼丁海默医生的办公室，找到了“驼丁海默的闹剧”和博士的尸骸。晨辉醒了过来，说出了自己加入志愿军的原因。黑杰克读了驼丁海默的日志。P-21从主机把蓝图下到了黑杰克的哔哔小马里。

第六章：游戏时间

小队抵达小蝶医疗中心，在入口处遇到了辉煌王子带领的名流小马。就是他们在大集市提供悬赏——辉煌想把学院赶出诊所，并获得里面的医疗设备，找到治疗他父亲的方法。黑杰克、P-21和晨辉进入诊所，见到了驻扎在里面的学院小马。他们的领导者阿奇解释说，他们追求的是建筑上层的技术，这些战前的技术没有被影响过。但他们派去的小马再也没有回来。他们不想让辉煌进去，因为他只会为自己使用这项技术，学院想研究这些技术并制造更多药品。小队乘坐电梯来到十五楼，墙上用血画着“来玩玩”三个字。他们开始向前探索遇到了一蹄雷陷阱。一段时间后，他们被卷入了一场奇怪的“游戏”，他们被迫逃命。晨辉跟他们分开了。黑杰克认为最佳策略是与P-21分头心动——P21想方法来停止这个病态的“游戏”，她会充当诱饵。她到处乱跑，很快引起了一群披着小马皮的小机器马的注意。黑杰克逃了出来，躲在一间旧办公室里。她听着关于英克雷团队探索医院并试图使用休眠舱的语音日志，得知他们被机器马干掉了。黑杰克被诱骗观看了她的第一个记忆球。内容是红心博士、石榴、车厘子和小蝶讨论：是否该将一群等待器官移植的受伤儿童暂时安置在休眠舱里。黑杰克从记忆球中醒来时发现自己被绑在手术台上，肚子被剪开。晨辉和P-21赶来营救她，黑杰克破坏了连接休眠舱和维修机器的电缆，成功关闭了机器人。晨辉用一个强大的护符治愈了黑杰克，现在黑杰克需要做出艰难的选择：小马驹们被关在休眠舱里两个世纪，已经精神失常。在某个时刻，英克雷到来并将设施主系统连接到维修机器上，这让小马驹们可以控制机器人。黑杰克可以把它们留在休眠舱里，希望未来某一天有小马会打开休眠舱帮助它们，或者也可以杀死它们。她知道第一种情况几率渺茫，而且孩子们早已疯掉，遂决定结束他们的痛苦。临走时黑杰克发现了红心的尸体，从她的蹄子里拿走了小蝶雕像。

第七章：物皆有价

黑杰克、晨辉和P-21从楼上下来，劝说名流和学院暂时合作。辉煌王子签了一张便条好让黑杰克去大集市拿报酬。小队回到了大集市。黑杰克因为医疗中心的事而十分恼怒，当一群武装不良的奴隶贩子袭击小队时，黑杰克大发雷霆，杀死了大多数奴隶贩子，放走了一只断了角的母马。P-21放出了奴隶。晨辉锯下了其中一个奴隶贩子的头，想把普通小马和掠夺者的大脑进行比较，希望能找出掠夺者好斗的原因。路上又碰到了一帮掠夺者，锯下了第二个脑袋。黑杰克打开她的哔哔小马收音机，发现DJ Pon3提到废土卫兵帮助小蝶医院开放，以及她对待奴隶贩子的行径。DJ还提到避难厩居民端掉了一个蓄奴镇。黑杰克想到自己杀掉的小马，昏了过去。黑杰克在大集市里瓶盖子的办公室醒来。她与瓶盖子进行了交谈，并了解了一些拾荒者的情况。瓶盖子有两个姐妹，她们都经营着像大集市这样的中心。不同的是，投机（在弗兰克镇经营一个中心）也销售涩情业和上瘾药物，而盘剥（经营失落天堂）则进行奴隶贸易。黑杰克又接了几个活——巡查一遍从大市场到弗兰克镇的旭日高速，在米拉马雷气象中心，给弗兰克镇的居民送些信。她还计划前往硫磺瀑布，削减奴隶贸易中的需求。半夜黑杰克参加了一场扑克游戏，第一次喝到了威士忌。在比赛中，黑杰克发现了U-21，追踪他时撞上了天王。喝醉的黑杰克用天王的武器开火，诱使大集市的炮塔向天王射击，黑杰克和天王开始互相射击。黑杰克的朋友们来了，瓶盖子让天王离开，但在此之前，天王悬赏五万瓶盖抓住黑杰克（活捉十万瓶盖）。P-21和晨辉给黑杰克提供了新的护甲和武器。

第八章 长路漫漫

黑杰克和P-21在瓶盖子和骨锯的帮助下伪装成商队商人，逃出了刺客遍地的大集市。他们在多纳乔的店铺与晨辉碰头（她从另一条路溜了出来）。晨辉检查了她收集的大脑，发现掠夺者的大脑结构受过损伤。她（通过瓶盖子）向英克雷报告了她的发现。小队返回四号气象监控站，在那里过夜。黑杰克看了一个记忆球，内容是玛丽和大麦在星空下交谈。他们想在碎蹄岭一战之后结婚。不幸的是，大麦在战斗中替塞拉斯蒂娅公主挡下子弹身亡。小队继续出发，穿过一片两百年前的战场。DJ Pon3在广播里说失落天堂重金悬赏黑杰克的脑袋。小队遇到了几个躲在地堡里的童子军战士。牧场（附近一座城镇）的牧场主把他们堵在这里，认为是他们吃掉了婆罗门，但其实是住在附近洞穴里的变异龙，黑杰克决定去会会它们。在朋友们的帮助下，她炸了天花板，干掉了许多小龙和一条巨龙。黑杰克、P-21、晨辉跟童子军一起上路了。在路上，黑杰克击败了一些武装简陋，想要获得赏金的废土居民，没有干掉他们。

第九章 如卵敌石

小队和童子军们进入卢斯霍夫学院，这是一所靠近硫磺瀑布的学校。黑杰克从窗户侦察奴隶贩子的行动，其他小马则乘机搜刮大楼。黑杰克看见了矿场和几栋由奴隶贩子守卫的建筑，附近还有一个露天购物中心，里面挤满了为奴隶贩子工作的牛仔帮（一个来自弗兰克镇的帮派）。黑杰克注意到有一只斑马正用隐形斗篷躲在房间里观察她，他名叫枪兵，想把斑马奴隶从矿井里解放出来，他还认为两个世纪前的战争并未结束。童子军不信任斑马并称他们要去教堂镇。P-21为黑杰克偷来一套牛仔帮的服装，她用这套服装潜入了商场。路上她从一只辐射蝎手中救下两名牛仔帮成员：尘迹和风滚草。尘迹帮助黑杰克执行了她的计划——把牛仔帮引开。黑杰克、晨辉、P-21和枪兵躲在一辆轨道车下，进入了硫磺瀑布。黑杰克发现矿井已被戈尔贡占领了——这是金血创造的一种怪物，能够防弹和飞行，并且可以通过凝视将小马变成石头。小队进入矿井，发现了许多小马石像，还有一个黑杰克很想按下的神秘按钮。在戈尔贡手下工作的有小马、斑马，幼驹、还有卫兵，他们正在从石头中提取宝石。小队开始与戈尔贡战斗。晨辉、P-21和枪兵都变成了石头，黑杰克把这只怪物塞进了碎石机干掉了它，解除了石头咒语。被释放的奴隶们冲出矿井，与硫磺瀑布的奴隶主们展开了战斗。尘迹带着牛仔帮前来，帮助击败了奴隶贩子。在骚乱中消失的枪兵突然出现，开枪麻痹了黑杰克，然后干掉了他之前声称要释放的斑马奴隶。他认为这些斑马是叛徒，因为他们不想在战争中与小马作战，这场战争永远不会结束。

第十章：血肉筹码

黑杰克在一张临时手术台上醒来，晨辉和P-21竭尽全力救她，并用大麦的记忆球作为止痛药。黑杰克在记忆球中进进出出，第一次在梦境或是幻觉中看到了庄家。结果证明，晨辉有一些重要的医疗技能，能够为黑杰克做手术。晨辉提到枪兵射杀的13只斑马中有两只幸存下来——瑟卡西和她的女儿玛吉娜。黑杰克想再次进入麦金塔的记忆球，但却进错成另一个。这个记忆球是麦金塔散兵在喙灵顿附近一座山上与斑马、狮鹫和龙群战斗。风滚草失心疯掉，并在黑杰克独自一马时袭击她，想要吃她的肉。黑杰克被逼无奈干掉了风滚草。黑杰克与她从矿井中救出的小马会面时假装自己已经完全康复。P-21拆掉了他们的爆炸项圈，并将其全部放在矿长身上，把雷管给了黑杰克。黑杰克拒绝按下按钮，她不想成为刽子手，于是把引爆器给了以前的奴隶。晨辉、瑟卡西和玛吉娜把P-21和黑杰克坐着的轨道车从硫磺瀑布中拉走，向东北方向而行。瑟卡西在路上讲述了关于斑马残存者的故事。

第十一章：空寂之境

黑杰克在教堂镇醒来，见到了牧师。但她的朋友们都不在那里。童子军在火车轨道旁发现了她，把她带到了教堂镇。原来黑杰克试图进入一个被封存的记忆球，这让她失去了意识。牧师帮她脱离了封存的记忆球，治好了她。他向黑杰克解释了凋零力场，并给了黑杰克一本《废土生存指南：喙灵顿版》。黑杰克被带走时装备还放在原地，她回去拿她的装备。在路上，她进入了喙灵顿自然历史博物馆，认为自己看到了露娜公主的幻象。她开始了博物馆之旅，找到了一些有用的装备（龙爪），过程中还喝醉了。一群赏金猎手试图抓住她，但她干掉了所有小马，留下两只活的，让他们传话给其他小马，不要为了赏金来追捕她。然后她去取回她的装备。黑杰克（再次）在教堂镇里宿醉醒来。她在镇上漫步，看到几个朝圣者穿过教堂的大桥，被核心的激光融为灰烬。

第十二章：推诿之词

黑杰克来到了教堂镇的小教堂，体验了小马齐声唱歌和演奏音乐的情景。瑟卡西和玛吉娜也来到了教堂镇。瑟卡西解释了在铁轨上发生的事情——黑杰克进入记忆球时，U-21与一些暴徒出现并拦下了轨道车。瑟卡西松开刹车，让黑杰克的轨道车顺着轨道滑走，然后带着女儿逃跑了。U-21抓住了P-21向南而去，一些天马带走了晨辉向北而去。黑杰克在教堂附近从轨道车上摔了下来。瑟卡西决定留在教堂，黑杰克则前去寻找她的朋友。黑杰克发现了一群刚死不久的小马，可能是赏金猎人，但没找到凶手。然后她落入了室女座的陷阱里。一些废土居民被绑在一个小营地里，黑杰克要去解救他们。黑杰克轻松解决了陷阱，释放了人质，然后安然无恙地离开了。其中一个居民告诉黑杰克，天马驻扎在米拉梅气象站。黑杰克在拖车里歇脚，在那里她听了P-21哔哔小马的一段录音（黑杰克在P-21还是P-1时强X了他）。当黑杰克接近米拉梅气象站时，一只天马袭击了她。黑杰克失手杀掉了那只天马。她进入大楼，发现了麦金塔散兵的储物柜，打开了石翼的储物柜，里面没什么好东西。她遇到两名天马警卫，解除了他们的武装，并将他们粘在地板上。继续探索时，她发现了一个记忆球，一不小心进入了记忆中，内容是急流与荣华的会面。急流为石翼的死而感到自责，并希望荣华删除她的记忆，他照做了。黑杰克醒来后发现自己被英克雷士兵绑了起来，晨辉穿着英克雷制服出现，声称把记忆球放在那里是她的主意。

第十三章：峰回路转

黑杰克见到了捷蹄特工和其他天马。英克雷原以为晨辉在任务中牺牲，他们收到晨辉关于掠夺者疾病的报告时（通过骨锯）发现她还活着。当U-21攻击轨道车时，他们带走了晨辉。黑杰克原以为晨辉将重返云端，但她决定继续与黑杰克同行。捷蹄表示愿意帮助营救P-21。黑杰克带着一队天马士兵执行一项小任务。他们乘坐雄鹿直升机前往一个农场干掉了一些掠夺者。在战斗中，黑杰克救了风语者中士的命。但有两件事值得怀疑：这些与世隔绝的农夫们是怎么变成土匪的，另外农舍里为何有很多优质食物。回到米拉梅，黑杰克四处寻找可疑的东西，发现了一盒银色子弹（驼丁的弹药）。她听到了隔壁房间传来晨辉的声音。进房间后黑杰克发现里面空无一马，但有一只隐形的小马暗中向黑杰克开枪。黑杰克在手术台上醒来，晨辉正在治疗她的伤口。晨辉透露她的父亲是天袭者议员，雷霆之首的领袖之一。黑杰克怀疑英克雷有所隐瞒，但晨辉确信一切都好，让黑杰克休息并离开。黑杰克冲出房间试图再次找出疑点。她发现一间牢房，里面有被锁住的掠夺者。还有一只翅膀被截去的黛茜派。之前隐形的小马杀掉黛茜派并再次攻击黑杰克，被黑杰克击败，原来是清新薄荷，英克雷的独角兽助理。他透露天马对掠夺者疾病具有免疫力。捷蹄和警卫到达，干掉了清新薄荷并解除了黑杰克的武装。捷蹄称他打算陷害晨辉，让她的父亲改变对志愿军的想法。捷蹄离开了，晨辉开始通过扬声器说话，原来是清新薄荷在之前模仿她的声音，作出背叛英克雷的自白。黑杰克击败警卫逃出牢房，听到了晨辉的尖叫声，她无法阻止英克雷给晨辉打下黛茜派的烙印。黑杰克在愤怒中服下大量药品，杀掉了给晨辉打下烙印的天马。捷蹄特工成功逃走。两马逃出了米拉梅，但有一只雄鹿直升机在等着他们。黑杰克发射了驼丁，毁掉了雄鹿直升机和气象站的控制塔。风语者找到黑杰克和晨辉，但没有攻击。她透露，农场的食物是几周前英克雷交给那些农民小马的。

第十四章：百折不挠

黑杰克和晨辉进入废弃的米拉梅，寻找治疗药水恢复体力。黑杰克给自己注射药品好冷静下来，然后喝酒喝到失去知觉。睡了一会儿后，她再次开始探索，发现了麦金顿散兵指挥官杯糕上校的尸体和左轮手枪。她又给自己注射了一些药品。晨辉虽然被打上烙印，但她还是相信英克雷。两马出发，再次穿过硫磺瀑布。矿井被响尾蛇帮（由Sidewinder领导，老队长）包围——他们正在围攻牛仔帮（尘迹所领导的）接管的矿井。黑杰克干掉了一些响尾蛇帮成员来帮助尘迹，她在战斗中服用了更多的化学药品。黑杰克和晨辉继续沿着夕阳高速前行。当他们经过90号避难厩附近时，一名狙击手向他们开枪，他们迅速躲到避难厩里面。避难厩显然从未完工，它只是一座没有电力、水源或设备的骨架。黑杰克从监督的笔记中了解到，居民们甚至没撑过一个月就在痛苦中死去。她们在这里稍作休息，黑杰克听了从P-21的哔哔小马下载的第二个语音日志——这一次黑杰克帮助他摆脱了雏菊。早上黑杰克再次给自己注射化学药品。两马离开90号避难厩，狙击手不见了。黑杰克绊倒并从公路上摔了下去，她再次服用药物来修复自己的身体。狙击手在33号热井附近再次袭击了他们。晨辉给黑杰克注射了九头蛇和其他药剂，最终得知黑杰克最近服用了很多不同的药剂。狙击手并不形单影只——埋伏在此的是由狮子座领导的赏金猎手。黑杰克双拳难敌四手，药物失效后她的身体终于垮掉，被赏金猎手包围。和赏金猎手在一起的收割者狂暴干掉了所有赏金猎手，救下了黑杰克和晨辉，她们发现狂暴能够再生。黑杰克得知是收割者教父派狂暴前来帮助黑杰克。