惠宗兵退上都之后，蒙古人依然控制着大漠草原、东北辽阳、朝鲜、西部甘肃、陕西及云南等地，并一度企图恢复旧疆，夺回大都（北京），重返中原。而明军占领大都后，为了彻底击溃北元势力，占领北方，迅速发动了三次较大的战役：一是太原战役，北元大败，明朝占领山西全境；二是明朝北征，收复陕西，攻克上都，元惠宗北走避兵，移往应昌府（今内蒙古赤峰克什克腾旗）；第三次是沈儿峪决战和奔袭应昌，西路明军在甘肃沈儿峪与蒙古军决战，元军大败，官兵被俘八万多人。东路明军三路北上，急袭应昌，元宗室出逃，宗室及官兵投降无数。此后，在漠南的蒙古官吏军民大量投降明朝，辽东地区元朝将领也投降明朝，1370年，高丽正式投降明朝。这样，元朝势力全部退回到大漠草原。后经又一次较大战役——岭北之战，明军受挫，由攻转守。明军在北部沿边设哨探、建烽燧，驻守山间各隘口，并征调大批劳役，开始依险修筑边墙（即明长城），并主动送还北元昭宗之子兼用军事行动和招抚策略，元朝故官何锁南普等主动来朝，以示臣服新朝。
