使用菌肥与不使用菌肥在农业种植中存在明显的差别，这些差别主要体现在以下几个方面：

土壤肥力和作物生长：
使用菌肥：菌肥中的有益微生物菌可以增加土壤中有益微生物菌的菌群规模数量，并压制与抑制土壤中有害病菌的繁殖，从而改善土壤质量，增强作物抵抗力和生长速度。这些微生物还能够分解有机物，释放植物所需的养分，并固定大气氮，转化为作物可利用的形式，进而提高土壤的肥力和作物的产量。
不使用菌肥：土壤中的微生物群落可能不够充裕，缺乏足够的分解有机物质和固定氮气的能力，可能导致土壤肥力下降，影响作物的生长和产量。
养分吸收与利用率：
使用菌肥：菌肥中的有益微生物菌可以加速土壤中肥料养分的分解转化，提高土壤中养分的吸收活性，并有效提高作物对土壤养分的吸收利用率，减少化肥的用量。
不使用菌肥：作物对土壤养分的吸收利用率可能较低，需要增加化肥的用量来满足生长需求，增加种植成本并可能对环境造成负面影响。

土壤改良与修复：
使用菌肥：菌肥在土壤中活动可以疏松活化土壤，促进作物根系生长发育与吸收，并加速土壤中残留农药、积累有害重金属离子的降解，起到改良修复土壤、提供土壤疏松通透性、平衡土壤酸碱PH值、补充土壤养分的效果。
不使用菌肥：土壤可能缺乏必要的微生物活动来改善土壤结构、减少土壤压实、增强土壤的通气性和透水性，从而不利于作物的生长和产量。
病虫害防治效果：
使用菌肥：菌肥中的有益微生物菌可以通过“以菌抑菌”、“以菌克菌”、“以菌杀菌”的方式，减少土壤中有害病菌的数量和危害空间，降低作物受到病虫害的风险。
不使用菌肥：作物可能更容易受到病虫害的侵袭，需要增加农药的用量来防治病虫害，增加种植成本并对环境造成负面影响。

综上所述，使用菌肥可以显著提高土壤肥力、促进作物生长、提高养分吸收与利用率、改良修复土壤以及增强病虫害防治效果等方面的效果。因此，在农业种植中合理使用菌肥是一种有效的提高产量和保护环境的方式。