以下是楼主对为什么开始阿姨不让主角整理仓库后最后让主角整理仓库的理解
正如阿姨说的这个仓库有着每个人的各种各样的记忆，想到未来有一天想回忆时能够找到所以储存。而阿姨还说仓库正像pockets口袋一样，这正对应了游戏名字summerpockets。而阿姨最后说整理好了就把他们丢了吧，这也是理解的一个切入点。
所以以下是楼主想的：游戏主题就是“放下过去的记忆（束缚），然后迈向不确定的明天”
主角：被过去记忆束缚，而逃到岛上，后在白羽的爱下与其结婚。但是这个时候的主角还是没能够“彻底放下过去，迈向不确定的明天”，从白羽难产后主角便自暴自弃（clannad即视感？）可见。而最后在经历了一系列事情后，也终于能够整理仓库（过去），并且把仓库的东西都扔了。并且在扔了过去的束缚后，主角又一次选择了女主，这也象征着主角的成长：不因为过去的束缚而影响现在的决定。
以上，楼主胡言乱语，仅作为一点参考，有不对的望各位批评