个人观点：与组织有关吧。
我们都知道，他进fbi是为了查找父亲的下落或失踪真相，他知道父亲的失踪与一个黑衣组织有关 。。
看他之前跟茱蒂说保护梗时还是短发，碰瓷明美时就是长发了，而他碰瓷明美就是为了借机进入组织。
他在组织里行动失败，身份暴露，回到美国那两年并没剪掉长发，（《工藤新一的纽约事件》里，他追击贝姐时还是长发,）是不是心有不甘，或者为了时刻提醒自己对组织的追查？
到他知道组织里出事、志保逃离后，回到日本寻找志保并剪掉长发，表示他对组织的进攻重新开始？
这是我个人的见解。

简单结论，与志保相关。可能与老琴有关，原因是在老头子心里，赤琴是镜面双生对立关系。可脑补，但没有确切的证据。

没太多讨论的原因是因为没有确切的证明，线索太少。就是那句可脑补，但无证据。