司马丕是深谋远虑，虽然外有强敌内忧权臣，但是都被他有效控制，做出非凡的历史功绩。司马丕领导守住洛阳等八成领土，通过为母亲议礼册封有效提高自己声望，桓温议封司马丕母亲为太夫人是最低，江虨代表司马昱议封皇太夫人，比桓温议封高，司马丕自己册封母亲为皇太妃，仪同太后，仅次于皇太后褚氏，他是代表司马衍集团和周氏外戚，势力庞大，也有效执政打压了权臣桓温。司马丕把太尉桓温明升暗降为大司马，让他入朝，桓温开始不从，后来被迫入朝，司马丕让司马昱的亲信桓豁接替桓温担任荆州刺史，让司马昱的亲家桓冲担任江州刺史，表面也能让桓温接受，桓温只能入朝，但又被派到赫圻镇守。司马丕利用类似推恩令的方式把桓温控制的地盘都分给和他不合的兄弟，桓温虽然是大司马，比司马昱的司徒要高，但是司马昱的势力反而更强，因为桓冲和桓豁都是他的亲信，这是司马昱虽然比桓温职务低，但任丞相反而在职务上超过桓温的重要原因。司马丕政治智慧由此可见，可惜病逝早。

司马丕勤政爱民，他是在亲自领导耕种后，因为有吃丹药的生活方式患病，在耕种劳累后，又空腹没有吃饭就吃丹药，导致患病。晋朝是医学养生发展时期，有很多人吃丹药和炼丹制药，并非都是迷信长生不老，有很多像裴秀父子和葛洪、张华等制药炼丹的医学家，司马丕和裴秀相仿，都是在服食散药时患病，用自己的生命为中国古代医学养生积累经验，不能都认为是迷信。司马丕患病后，有时不能上朝是皇太后代理听政，他在亲自操办主持母亲周太妃葬礼期间是让司马昱代理执政，总体没有因为患病导致内乱，但是也没有完全治愈，他去世是因为过度悲伤，他的皇后王穆之去世后，仅一个月他也逝世，更可能是因为悲伤和情绪激动引发旧病而去世。

司马丕是中国古代仁君，是勤政爱民的杰出人物，司马衍订立每亩三升的低税已经让人敬佩，司马丕又减少三分之一只收每亩二升，在现代评价也是圣君。

司马丕是有作为有功绩的君主，多次北伐和重用司马昱，能爱护百姓得人心，也能控制桓温阻止他专权，册封母亲周太妃也有智谋，也并非迷信无能，可惜的贤君。