如题 科研资料链接：https://pan.baidu.com/s/1SuO-FY2i-tsyH5rKKww_JQ?pwd=8M33 提取码：8M33 有效期一年

吧友们想问一下怎么根据生成的ndx文件在VMD中显示索引的原子

有木有gromacs大佬看看这是啥问题啊，Trying to deduce atomnumbers when no pdb information is present

我是一个做高分子的，但是实验室要用gmx做纳米乳膜的模拟，让我构建四种磷脂组层的单层膜，但是我不会，谁有教程，要用什么方法做，在线等，急。

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有没有GROMACS的大佬，有偿求个代算

Windows10用Ubuntu编译就直接报错了，不知道怎么解决，求大佬解惑

有一起学习gromacs的吗 北京

（完全适合零基础）CADD计算机辅助药物设计设计流程，让学员能够掌握包括PDB数据库、蛋白与配体、蛋白-蛋白对接、蛋白-多肽对接、金属辅酶蛋白-配体的对接、蛋白-配体的柔性对接、蛋白-水分子-配体对接、虚拟筛选的流程、Linux安装、gromacs分子动力学全称实操 AIDD人工智能药物发现与设计流程，让学员能够掌握包括基于配体结构的虚拟筛选、机器学习数据处理与特征化、模型构建、模型评估、毒性预测模型的构建与使用、分类模型的构建与应用、

部分内容： 全文，扫一扫+ VX，

来源：“分子动力学”公众号 链接：https://mp.weixin.qq.com/s/a7SKL2Vbqv9MHaFueAg4tQ 入门阶段，首先你要知道你想做什么，最好是找个看起来不太难的文章照着把里面的模拟自己重复一遍。因为全原子模拟大都是用一些软件来进行的，因此你首先需要的是学会一些软件的使用，常用的生物分子模拟软件包括：Gromacs、Amber 和 NAMD 等等，材料有关的模拟还有 Lammps 等软件。学这些东西的时候首先主要是要知道模拟的基本流程以及实现的方法，包括怎样搭建模拟的体

文章来源：“分子动力学”公众号 链接：https://mp.weixin.qq.com/s/Mx__MQHIscL1Hqz0sYXdzA Gromacs的pdb2gmx命令使用gromacs做分子动力学模拟时，第一个要用到的命令一般都是pdb2gmx。这个命令吧pdb分子文件转化成gromacs独特的gro分子结构文件类型，同时产生分子拓扑文件。 Gromacs是典型的GPL软件，每一个命令都有很多命令参数。这对熟悉windows环境的人来说有一点烦，但是如果熟悉了Linux环境，也就慢慢喜欢啦。（建议多使用命令，就像VMD， Pymol，rasmol和Chimera等等分子

关于“AI人工智能Python与药物发现和药物设计”专题线上培训班 2021.06.05 周六 （线上授课） 2021.06.06 周日 （线上授课） 2021.06.19 周六 （线上授课） 2021.06.20 周日 （线上授课） 人工智能技术在药物研发中的应用主要表现为七个场景，分别是：靶点药物研发、候选药物挖掘、化合物筛选、预测ADMET性质、药物晶型预测、辅助病理生物学研究和发掘药物新适应症新药研发存在周期长、费用高和成功率低等特点， 人工智能作为药物研发领域的一个热点方向

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当今，随着人类基因组计划的完成、蛋白组学的迅猛发展，以及大量与人类疾病相关基因的发现，药物作用的靶标分子急剧增加；计算机辅助药物设计是通过计算机模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的关系，设计和优化先导化合物的方法；在计算机技术推动下，现在每项有一定规模的新药研究工作中，计算机辅助药物设计的研究都是一个基本的工作，世界上每一个大的制药公司都在使用计算机技术，致力发展该技术，应用前景十分广阔。

计算机辅助药物设计（CADD）这个方向是一个相对综合的研究方向，且在早期药物开发中还是起到了推动作用。如果你是要在这个领域内深入研究的话，在开始研究生阶段之前最好先接触编程，化学，蛋白结构等知识，在博士毕业时最好能发表自己的算法或是针对某个体系做点工作，具体来说小方向很多比如分子动力学模拟，分子对接，虚拟筛选，蛋白建模等等。

由于群成员已到200人，进群仅限邀请，请加下方微信，gromacs，amber， 分子对接交流群

计算机辅助药物设计与gromacs分子动力学年底专题线上培训班 （课程一）计算机辅助药物设计培训班 时间地点： 2021年01月09日-01月10日 在线直播（授课2天） 2021年01月16日-01月17日 在线直播（授课2天） 课程内容简介 1，生物分子互作基础 2，生物分子互作基础 3，蛋白结构分析 4，同源建模 5，小分子构建 6，小分子化合物库 7，Autodock或薛定谔使用 8，虚拟筛选 9，预测蛋白-蛋白相互作用（ZDOCK） 10，构效关系分析 11，1. 基于碎片药物设计（MOE软件） 12，

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生物分子互作基础 1.生物分子互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子对接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用 蛋白数据库 1. PDB 数据库介绍 1.1 PDB蛋白数据库功能 1.2 PDB蛋白数据可获取资源 1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性 2.PDB 数据库的使用 2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载 2.2 靶点蛋白结构序列下载 2.3 靶点蛋白背景分析及相关数据资源获取途径 2.4 批量下载蛋白晶体结构 蛋白结构分析 1. Pymol

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“GROMACS分子动力学模拟技术与应用” 课 程 内 容 分子动力学模拟基础 1 分子模拟入门理论——对分子动力学模拟原理介绍1.1统计力学基本假设1.2统计概率1.3配分函数的定义1.4系综简介和选择1.5分子动力学的概念1.6主要算法介绍：最速下降法、共轭梯度法1.7积分步长的选取1.8温度和压力控制1.9周期性边界条件1.10分子动力学模拟流程 GROMACS入门操作 2 GROMACS入门操作基础2.1 Linux环境介绍2.2 Linux命令入门基础——熟练掌握GROMACS所用的Linux命令2.3 Linux并行操

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如题，谢谢大家！

@全体成员 2017年11月23日 —-11月26日 南京（时间安排：第一天报到、授课三天） 培训目标： 本次以分子动