首先，完全同位体什么的应该是TOA的常识，在此重申一下。
完全同位体即为音素振动数完全相同的两个存在，正常情况下不会产生。人类中，最起码在已发现的人类中，只有卢克和阿修是完全同位体，其余复制品和他们原型的振动数都不相同。
然后完全同位体的两人会发生名为大爆炸的现象。
日本WIKI百科的TOA词条关于大爆炸是这么描述的
大爆発（ビッグバン）
完全同位体のレプリカが被験者に取り込まれ消灭する现象である。大きく4つの段阶に分かれ、第一段阶では双方ともに音素乖离を起こし、存在が希薄になる。第二段阶では被験者から乖离した音素をレプリカが取り込んでいく。第三段阶で被験者は一度死亡し、レプリカがその音素を全て取り込む。そして最终段阶に至ると、取り込まれた被験者の音素がレプリカの音素を全て弾きだし、その存在にとって代わってしまう。この时点でレプリカは死亡するが、被験者はレプリカの记忆を引き継いだ状态で苏生する。
大爆炸
指完全同位体的复制品被原型吞噬消灭的现象。总共分为四个阶段：第一阶段双方一同发生音素解离现象，变得存在稀薄。第二阶段复制品得到从原型那里解离来的音素。第三阶段原型一度死亡，复制品得到他的全部音素。然后进入最终阶段，得到的原型的音素消灭复制品的音素，代替他的存在。此时复制品死亡，原型以继承复制品记忆的状态复活。
阿修却误以为是他会在音素流向复制品后消失，所以才会说出“我没有时间了！”这样的话。原作里杰伊德有明说他误会了。
官方攻略本上的大爆炸说明
完全同位体の被験者に発症するもの。同じ存在であるレプリカの情报を回収するため、音素乖离してレプリカを吸収し、オリジナルとして再构成する现象。结果、レプリカは存在していた时の记忆をオリジナルに残して消灭し、オリジナルは２つの过去の记忆を持つことになる。
完全同位体的原型发生的症状。为了回收同样的存在（音素振动数）的复制品的情报，而吸收音素解离的复制品重新构成原型的现象。最后复制品把他存在时的记忆留给原型后消灭，原型同时持有两份过去的记忆。

然后是传说十五周年官方出的TOC第60页的简略说明

（超振动说明部分省略）另一方面，制造出完全同位体的原型会发生名为大爆炸的音素解离症状。发生大爆炸时原型吸收复制品进行再构成，此时原型持有自己和复制品的两份记忆。
无论哪一方面都说明活下来的是原型的阿修，更不要说游戏中的无数暗示了。
原作中阿修死后的对话
ディスト「コンタミネーション现象は免れません。たとえあなたの才能を持ってしてもね」
ジェイド「わかっていますよ、そんなことは。私は死者の复活に失败した人间だ。运命は変えられない」
ディスト「……记忆は残るのですよ」
ジェイド「いえ、记忆しか残らないんてすよ」
迪斯特：コンタミネーション现象是无论如何避免不了的。即使有着你这样的才能也一样
杰伊德：这种事我明白的。我是复活死者失败的人。命运是改变不了的
迪斯特：……会留下记忆吧
杰伊德：不，应该说只会留下记忆。
杰伊德是队伍中唯一知道真相的。这里两人都知道阿修死亡，却依旧在谈论大爆炸现象，说明大爆炸的结果不会因为阿修死亡而改变。
而后来杰伊德特意去和卢克握手，发现他这个左撇子伸出的是右手，说明阿修的精神已经在侵蚀他了。所以才会有这个对话：
杰伊德：“请你回来。不，仅仅是我希望你能回来。”
卢克：“不要勉强我了。”
杰伊德：“对不起。”
虽然动画里仅仅出现了大爆炸症状而没有出现相关说明，很多线索也被删掉，但是结局无疑是一样的。以下是『テイルズ オブ マガジン』Vol.9的附录小册子上TOA声优们的谈话。
桃井：でもあれって実は、すごく象徴的なんですよね。最后にミュウが行かないっていうのは。
小林：あ～あ～。
丸山：そういう意味では、ゲームよりアニメの方が、ちょっと明确だったのかなって気がしますよね。
桃井（阿尼丝）：但是实际上暗示已经非常明显了吧（指结局的归来之人），最后缪并没有去那个人身边也就意味着……
小林（伊昂）：嗯嗯。
丸山（缪）：也就是说这方面动画版要比游戏更直白呢。
——以上，虽然声优没有明说但是也和明说差不多了。

...很有道理...LZ辛苦了!嘛虽然咱还是信回来的是其中一个另一个也还活着啦(请无视这个为了CP爱会时刻撇开事实情报的人XD)

考据党V5。
（立刻跑去翻十五周年纪念册）
唉= =我表示现在心情很复杂。
但是这样也算是合体了吧……毕竟记忆合体了……（喂），阿修也变温柔了……啥的。
想到夕阳屋瞬间又治愈了。
总之多谢楼主的解说……这下最后的结局我终于明白是谁回来了= =。
3DS通关的时候我预感自己会哭= =知道了真实啊啊啊啊

不好意思，忘了注明是回你了。
我知道这些观点都是别人提出过的，只是想把资料整合再重申一下。因为吧里实在乱七八糟，连那个台湾MM写的剧情小说都被拿来当依据了

唔，太长了，有地方也有理，先拣部分回应吧
关于老师：老师他确实是绝代的第七音谱术士兼剑士，但是他对复制品相关是一窍不通啊！否则也不需要挖来迪斯特了。所以他说的不能成为判断依据。
再者他虽然要搞复制品和谐世界，对复制品却一向是极端蔑视只当没有意志的道具来看，特别是他之前的盲信者卢克。所以句话有终于承认卢克是一个有着独立意志的个体，把他作为人看待的意思。
“换句话说，在一方的实体消失之后，会立即继承另一方的记忆而复活，中间没有过渡期。”这句我没看到相关依据。第一魔物的身体构成和人类是不一样的，有的死亡后会归还为音素。与之对应的是普通人类死亡会留下尸体，复制品却会马上消失，是因为构成他们的全是第七音素，所以我猜测实体会不会消失应该是和身体里的第七音素百分比有关。
第二「実は自分は一回死んだのです。その后何かが入ってくる感じがしたと思ったら、自分は死んでいなかったのです。
その时はもう一人の自分はいなかったのです。」
表示我没看到这段话的哪里有支持你上面判断的句子了。我承认，主观判断的话是挺快的，但是这个“その后”究竟花了多长时间却并没明说。它确认自己死了，就应该经历过死后失去意识的一段时间，那么意识清醒前是感觉不到时间流逝的吧。

我说过了，感觉这一段是为了让玩家自己亲自去游戏发掘线索来证实真实性而写的，要是匆匆通关的话绝大多数与之关联话都看不到。
杰伊德记者采访大爆炸感想的时候一个是原型一个是被验者，感想是不可能相同的。
阿修喷楼好多座，你爬的是哪座？我记得给我留下印象的那段是
“………………是什么什么，所以跟你无关你没错，好厉害啊阿修！
………………是什么原因，所以也跟你无关你没错，好厉害啊阿修！
…………（省略）
最后侵占了卢克身份顶着卢克的名字回来，也是大爆炸的错和你无关，好厉害啊阿修！”
这样orz