说明：由左至右分别为【漫画总话数】【单行本内话数】【中文标题】和【对应TV】

【漫画单行本1】 1994/06/18
001 FILE.1 现代的福尔摩斯 ------TV001 云霄飞车杀人事件
002 FILE.2 变成小孩子的名侦探
003 FILE.3 失去声援的名侦探
004 FILE.4 第6根烟囱
005 FILE.5 另一个歹徒 ----------TV002 董事长千金绑架事件
006 FILE.6 迷糊侦探变成名侦探
007 FILE.7 沾血的青春偶像
008 FILE.8 和你相像的人
009 FILE.9 不幸的误会 ----------TV003 偶像密室杀人事件

【漫画单行本2】 1994/07/18
010 FILE.1 好赚的跟踪
011 FILE.2 完美的不在场证明
012 FILE.3 照片说话了 ----------TV038 红鬼村火祭杀人事件
013 FILE.4 行踪不明的男人
014 FILE.5 可怜的少女
015 FILE.6 追踪高大的男子
016 FILE.7 恶魔般的主使者 ------TV128 黑暗组织10亿元抢劫事件
017 FILE.8 恐怖的鬼屋
018 FILE.9 消失的孩子们
019 FILE.10 地下室的噩梦 -------TV020 鬼屋杀人事件

【漫画单行本4】 1995/02/18
030 FILE.1 盔甲骑士
031 FILE.2 遗书之谜
032 FILE.3 原子笔之谜 ----------TV008 美术馆老板杀人事件
033 FILE.4 黑色公事包之谜
034 FILE.5 特色车厢上的4个人
035 FILE.6 倒数10秒种 ----------TV005 新干线大爆破事件
036 FILE.7 意外的藏宝图
037 FILE.8 译解暗号
038 FILE.9 译解暗号的新方法
039 FILE.10 发光的鱼之谜 -------TV004 大都市暗号地图事件

【漫画单行本7】 1995/11/18
061 FILE.1 照片内的陷阱 --------TV009 天下一夜祭杀人事件
062 FILE.2 月影岛的邀请函
063 FILE.3 钢琴的诅咒
064 FILE.4 秘密乐谱
065 FILE.5 烈火中的秘密
066 FILE.6 染血的案件
067 FILE.7 名字的秘密 ----------TV011 钢琴奏鸣曲「月光」杀人事件
068 FILE.8 新一的恋人
069 FILE.9 名侦探小兰
070 FILE.10 性命攸关

【漫画单行本11】 1996/07/18
101 FILE.1 会说话的桌布 --------TV046 雪山山庄杀人事件
102 FILE.2 现场直播时之死
103 FILE.3 虚幻之路
104 FILE.4 临时推理秀 ----------TV031 电视台杀人事件
105 FILE.5 重要的人！？
106 FILE.6 凶器的下落
107 FILE.7 二道迷 --------------TV032 咖啡店杀人事件
108 FILE.8 修行室
109 FILE.9 樱花与壁上的洞
110 FILE.10 浮在空中的力量 -----TV052 雾天狗传说杀人事件

【漫画单行本12】 1996/09/18
111 FILE.1 博士的宝物箱
112 FILE.2 黑色的太阳
113 FILE.3 宝物的真实面貌 ------TV163-164 月亮、星星与太阳的秘密(前篇)(后篇)
114 FILE.4 突如其来的遭遇
115 FILE.5 炸弹的下落
116 FILE.6 柯南失算了 ----------TV054 电玩公司杀人事件
117 FILE.7 福尔摩斯之约
118 FILE.8 知道太多的女人
119 FILE.9 不明原因的爆炸
120 FILE.10 被识破的谎言

【漫画单行本14】 1997/03/18
131 FILE.1 照片为证
132 FILE.2 电话上的数字
133 FILE.3 命案正要发生
134 FILE.4 落叶缤纷中的质问
135 FILE.5 妈妈的心理
136 FILE.6 柯南唇角的笑意
137 FILE.7 有希子唇角的笑意
138 FILE.8 另一个人 ------------TV096 走投无路的名侦探！连续两大杀人事件
139 FILE.9 奇怪的聚会
140 FILE.10 最后一名访客