阴阳家思想可以说是中国古代最富哲学味道的理论构想，著名的科学史家李约瑟称它是“古代中国人能够构想的原终原理”。阴阳、五行与气等学说相互结合，构成了中国古代的哲学思想体系，这些观念也是中国传统科学思想的基本要素。在《史记·太史公自序》中的“论六家要旨”把阴阳家列为六家之首，可见阴阳家的重要地位了。　　阴阳与五行在早期各自为说，“阴阳”的概念最早见于《易经》，“五行”的概念最早见于《尚书》，但两种观念的产生，则可以追溯到更久远的年代。到了战国时代，“阴阳”和“五行”渐渐合流，形成一种新的观念模式，在汉代总结先秦学术的源流时，由于这一家思想以“阴阳五行”为基础，所以称为“阴阳家”，也称“阴阳五行学派”或“阴阳五行家”，是先秦诸子百家之一。

“五行”并不是说“金、木、水、火、土”这五种具体物质本身，而是指五种不同属性的抽象概念。它以“天人相应”为指导思想，以“五行”为中心，以空间结构的“五方”，时间结构的“五季”，人体结构的“五脏”为基本框架，把自然界中的各种事物，按其属性进行归纳如下：
　　凡具有清静、收杀特性的属于“金”。
　　凡具有生发、柔和特性的属于“木”。
　　凡具有寒冷、滋润、闭藏特性的属于“水”。
　　凡具有阳热、上炎特性的属于“火”。
　　凡具有长养、发肓特性的属于“土”。
　　用“五行”来说明人体、人与自然环境的统一性的关系见下表： 五 时 五五五 五五 五 五五 六 五 形 情五变
音 间 味色化气方 季 行脏 腑 官 体 志 声动角 平旦 酸 青 生 风东 春 木肝 胆 目 筋 怒 呼 握征 日中 苦 赤 长 暑南 夏 火 心 小肠舌 脉 喜笑 忧宫 日西 甘 黄化湿中长夏土脾 胃 口 肉 思歌哕商 日入 辛 白 收 燥西 秋 金 肺 大肠 鼻皮毛 悲 哭 咳羽 夜半 咸 黑 藏 寒北 冬 水 肾 膀胱耳 骨 恐呻 栗

在《汉书·艺文志》中说：“阴阳家者流，盖出于羲和之官，敬顺昊天，历象日月星辰，敬授民时，此其所长也。及拘者为之，则牵于禁忌，泥于小数，舍人事而任鬼神。”其中谈到“阴阳”的两种表现形式，似乎等同于天文历法，而没有任何哲学色彩。这主要还是由于阴阳家的哲学含义并非形成于一时一日；另外当具有了一定的哲学含义时，又往往被隐含在“天人关系”的论说之中。“阴阳”学说虽然包含有天文星历等内容，但只是表面现象而已，其目的并不是在于“观象”、“授时”、“制历”，而是要通过这些表面现象来说明“阴阳变化”的规律以及“顺乎阴阳”的重要性，即所谓“四时、八位、十二度、二十四节各有教令，顺之者昌，逆之者不死则亡”。 　由于“阴阳”这一观念最初是建立在“阳光的有无、向日或背日”这些直接作用于人感官之上的自然变化，因此“四时”的变化就受到了格外的强调，所谓“序四时之大顺，不可失也”。那么什么是“四时之序”呢？就是：春生、夏荣、秋收、冬藏，阴阳家强调这些是“天道之大经也，弗顺则无以为天下纲纪”。这一原则不仅适用于天地间有生之物“生、长、化、收、藏”的自然变化和人为的农牧生产活动，而且也把它类比于“政治、人事”，这些就是阴阳家思想的基本内容。
　　特别要说明的是，阴阳家虽然力倡顺应“四时”、“阴阳”变化之序，但其思想的要点在于“阴阳交替、轮转循环”，而不在于对立！阴阳家“阴阳消长”的实质不是“此消彼长”，而是“阴阳”各自在一定时限内的“自身消长”。即：春夏是“阴生至盛极”的阶段；秋冬是“阴生至盛极”的阶段。而在这两个阶段中，“阴”或“阳”分别经历了由“初生”至“盛极而衰”的过程，即所谓：“阳至而阴，阴至而阳”、“因阴阳之恒，顺天地之常”。在《吕氏春秋》中以“圜道”为题，通过列举日夜一周、月躔二十八星宿、精行四时、物动则“萌—生—长—大—成—衰—杀—藏”、云气西行、水泉东流、日夜不休、上不竭、下不满等等现象来说明“天地车轮，终而复始，极则复反”的循环规律，与阴阳家顺应四时、阴阳的思想同属一脉。

但如果舍弃四时、昼夜循环轮转的时间因素，那么“阴阳相互对立”的属性就会自然而然地显露出来了。例如：山南、水北为阳，山北、水南为阴；日为阳，月为阴；昼为阳，夜为阴；天为阳，地为阴；乃至男女、水火、风雨、雌雄等等无不视为“对立的两面”。
　　具有哲学内涵的“阴阳”学说正是沿着这样一种思维方式逐渐发展起来的。说两句题外话：在先秦和两汉时代是“阴阳家”学说的重要发展时期，在这期间有一个很有趣的变化：阴阳家学说原本以“循环”观念为主，而当“阴阳对立”的属性逐渐受到重视后，其循环的的思想反而不太受到重视。而五行学说因“相生、相克”之说的盛行，反而被看成是循环观念的典型表现，而五行原本的分“类”、定“性”却往往被忽略了。

关于“阴阳”观念的发展很简略的说一下：早期的“阴阳”概念并不是万物属性的抽象，而是专指“阴阳”二气。在《国语·周语上》中记载：周宣王时已有了“阳气”的说法，到了西周末年，伯阳父以阳气与阴气的运动来解释地震的成因。在《吕氏春秋·古乐》中说：“昔古朱襄氏之治天下也，多风而阳气畜积，万物散解，果实不成，故士达作为五弦琴，以来阴气，以定群生”。在《国语·周语下》中说：“如是，而铸之金，磨之石，系之丝木，越之匏竹，节之鼓而行之，以遂八风。于是乎气无滞阴，亦无散阳，阴阳序次，风雨时至，嘉生繁祉，人民和利，物备而乐成，上下不罢，故曰乐正”。把“乐”看做是可通天地间的阴阳之气，这是古今对音乐理解不同的重要区别。有形的“阴阳之气”发生偏盛也被认为是疾病发生的原因之一。在《左传·昭公元年》就有：“天有六气，降生五味，发为五色，征为五声，淫生六疾。六气曰阴、阳、风、雨、晦、明也。分为四时，序为五节，过则为灾。阴淫寒疾，阳淫热疾”。大致意思就是说：阴、阳之气过盛(淫)则致病。但在以后的思想发展中，“阴阳”几乎成了一对抽象的概念，不一定要寻其形质了。

在先秦参与百家争鸣的“阴阳家”主要以管促学派和邹衍为代表。下面简单介绍一下：
　　管仲学派的阴阳五行学说主要体现在《管子》书中的《幼官》、《四时》、《五行》、《轻重己》等篇中。管仲学派的阴阳五行学说仅仅表现出“五行相生”的特点，而不说“五行相胜”，主张以五行配合四时季节的变化。在《管子·四时》中说：“东方曰星，其时曰春，其气曰风，风生木与骨。……南方曰日，其时曰夏，其气曰阳，阳生火与气。……中央曰土，土德实辅四时入出，以风雨节土益力。……西方曰辰，其时曰秋，其气曰阴，阴生金与甲。……北方日月，其时曰冬，其气曰寒，寒生水与血。”大致意思是说：东方的季节为春，配木，其气是风；南方的季节为夏，配火，其气是阳；西方的季节是秋，配金，其气是阴；北方的季节是冬，配水，其气是寒；中央是土，其德性是辅四时运行。这样就将“金、木、水、火、土”五行与春夏秋冬四个时节配合了起来。并且认为这样才能“人与天调，然后天地之美生”(《管子·五行》)
　　在管仲学派的“阴阳五行”学说中一项根本性的内容就是：“圣王务时而寄政”。在《管子·四时》中说：“阴阳者，天地之大理也；四时者，阴阳之大经也；刑德者，四时之合也。刑德合于时，则生福，诡则生祸。”即他们认为阴阳的消长变化是天地的根本道理，而四时运行是阴阳的根本规律，刑政和德政则要适应四时。所以管仲学派主张统治者要严格按照四时的运行变化而作为，施政一定要配合四时与五行。如果施政不合时令就会导致天地之间阴阳二气的失调，灾难就会来临。在同一篇中对春、夏、秋、冬四时所要做的事情规定的很详细，每一时节都规定了五个大方面的内容，体现了管仲学派积极为统治者所设计的治理国家草图的具体实施措施。

邹衍是齐国人，具体生卒年不详，只知道应该稍晚于孟子，是著名的稷下先生。在《盐铁论·论儒》中说他：“以儒术干世主，不用，即以变化始终之论，卒以显名”。由此可见，邹衍是以阴阳学说而扬名的。
　　邹衍的阴阳五行学说最主要的就是他把《尚书·洪范》中的“五行”观改造为了“五德终始”说，并以此阐释宇宙演变和历史兴衰，以五行相生相克来论证新政权取代旧政权或改朝换代的合理性。邹衍认为自有人类社会以来，朝代的更替都是五德，即：金、木、水、火、土五行之德相胜转移的结果。并且按照一定的次序，前德胜后德，而不是相反的。而这种次序是：水胜火、火胜金、金胜木、木胜土、土胜水。邹衍把每一个朝代都赋予一种德，一切制度都与一种德相应。五德循环往复，相代而兴，历史也就如此推演下去。秦朝统一中国，就以这种“五德终始”为理论根据，据《史记·封禅书》中记载：“邹子之徒，论著终始五德之运，及秦帝，而齐人奏之，故始皇采用之。”秦自称为水德，根据“五德终始”学说，水胜火，所以水德的秦取代火德的周也就是合理的事儿了。
　　无疑邹衍的“五德终始”学说，以宗教迷信的神秘色彩宣扬皇权神授，迎合了战国各国君主争相统一中国的欲望。而这种学说表现在历史观上就是宿命论和循环论了。
　　在汉初阴阳家还存在，到了武帝罢黜百家之后，阴阳家的部分内容融入了儒家思想体系、部分内容为原始道教所吸取，作为独立学派的阴阳家就不存在了。

阴阳家中“使人拘而多畏”、“牵于禁忌，泥于小数”之弊在中医领域中也有所体现，例如：
　　正月、二月，天气始方，地气始发，人气在肝；三月、四月，天气正方，地气定发，人气在脾；五月、六月，天气盛，地气高，人气在头；七月、八月，阴气始杀，人气在肺；九月、十月，阴气始冰，地气始闭，人气在心；十一月、十二月，冰复，地气合，人气在肾。
　　相应的在针刺方法上自然就会有所规定：
　　《素问·诊要经终论》上讲：“春夏秋冬，各有所刺，法其所在。春刺夏分，脉乱气微，入淫骨髓，病不能愈，令人不嗜食，又且少气；春刺秋分，筋挛逆气，环为咳嗽，病不愈，令人时惊，又且哭；春刺冬分，邪气著藏，令人胀，病不愈，又且欲言语。”
　　以上只是春季的描述，关于夏、秋、冬三季的详述就略过不说了。这些规律在针灸治疗学中并无实际意义，因为他的本质还是属于虚构的规律。不过实际上只要结合上一段不同月份“人气所在”的论述就不难看出“牵于禁忌”的本质。
　　在今本《黄帝内经》中阴阳学说的运用已经逐渐发展成为了一种强调“对立、平衡”的抽象概念。这种阴阳学说实质上已与上述的阴阳家学说大不相同了。在其中阴阳的概念既包含有以“阴阳二气”的融合构成宇宙万物本体的一面，也包含有注重阴阳不同的属性特征的“象”学的一面。前者在医学理论中表现为对于生命形成、禀赋厚薄、情志形体特征等的解说；后者则可具体地指导诊断与治疗----阴阳的辨识是中医“辩证施治”的核心。这类内容在今本《黄帝内经》中也表现得相当充分，在《素问·阴阳应象大论》中说：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也。……阴静阳躁，阳生阴长，阳杀阴藏。阳化气，阴成形。寒极生热，热极生寒。寒气生浊，热气生清。”“水为阴，火为阳。阳为气，阴为味。……味厚者为阴，薄为阴之阳；气厚者为阳，薄为阳之阴。……气味辛甘发散为阳，酸苦涌泄为阴。”
　　在今本《黄帝内经》中的阴阳学说重点已经不再是循环的观念，而是二者的对立属性。其中的两分之法也不再是特指“四时之序”(即：时间概念)，而是将这种“以量定性”的方法移植到了与药物理论有关的“气”、“味”学说中。总之，阴阳既是高度的抽象与概括，又以“数之可十，推之可百”以致用，因而成为了中医基础理论中最重要的组成部分。
　　另外，阴阳之说在古代医学领域中有一种特殊的表现形式，即：三分阴阳而成太阴、少阴、厥阴和太阳、少阳、阳明。这六个名词在中医中是极为重要的概念术语：经脉学说的主体就是以此为名----手、足各有三阴、三阳之脉，合称“十二正经”。在《素问·热论》中在论述外感热病时也是以此为名，现在一般外感病的进程被划分为太阳、少阳、阳明(以上三个在“表”)，太阴、少阴、厥阴(以上三个在“里”)六个阶段。而东汉的《伤寒杂病论》也以此为纲，发挥而成，所以后人一般称之为“六经辩证”体系。

　“三分阴阳”比起正文中所说的“二分阴阳”多出了“阳明”与“厥阴”两个名称。这种分法在中国传统文化的其他领域中基本上是看不到的。大概早在汉代就已经有人开始对这一问题加以探讨了，在《素问·阴阳离合论》开篇的设问就是：“今三阴三阳，不应阴阳，其故何也？”回答则是：“阴阳者，数之可十，推之可百；数之可千，推之可万；万之大，不可胜数，然其要一也。”似乎并没有明确的回答，其后就是有关十二经脉的解说了。赵洪钧在《内经时代》中对以上问题的回答是：“岐伯的答话不讲经脉分布处皆是搪塞，直讲经脉则答非所问。张景岳之医理可谓精深，岂知他也不能正面回答这一问题。《类经·会通类》‘阴阳五行’中抄下这段话，没作任何说明。接着照抄大量经文，毫无心得。《类经附翼·医易义》大讲《易》理，仍说不清三阴三阳。看来回答这个问题实在不容易。”而且认为：“比较可靠的原始三阴三阳说，就是三男三女说。”他说的就是《易·说卦》中所说：“乾，天也，故称呼父。坤，地也，故称呼母。震一索而得男，故谓之长男。巽一索而得女，故谓之长女。坎再索而得男，故谓之中男。离再索而得女，故谓之中女。艮三索而得男，故谓之长男。巽一索而得女，故谓之长女。”
　　正因为“三阴三阳”是医家之言，所以历来研究阴阳学说的哲学家、史学家极少谈到这一问题。就算是在中医领域，也大多只谈“三阴三阳”之用，却避而不谈其中的缘由。