根据原著对电影的推论

原著：菲利普·迪克 《We Can Remember It for You Wholesale》
网上笔者搜到的一篇原著中文版译名为《记忆公司》，大体情节是主角确是一个特工，被政府部门抹去了记忆，而记忆公司先后两次找回了主角的两部分记忆。
http://www.douban.com/group/topic/34057449/
1990版《全面记忆》又名《宇宙威龙》施瓦辛格主演（百度百科词条有这个义项），倒是更接近原著，2012版则是一个全新的故事了。
根据原著推论，2012版主角进入记忆公司之后的情节应该是现实。

PS：请记住，从出品方的角度，现今为止，电视剧首要考虑的还是电视台播出，电影首要考虑的还是电影院放映，所以不会有意让观众去抠细节的。而即便在情节、道具、布景、剪辑等方面出现一些纰漏，也都是正常的、是可理解的。

（接上）如果2012版电影有意要跟原著相反、表达虚拟记忆，结尾就没必要做得那么隐晦。