菜鸟应该不会是传统的物流中介。他的地位应该相当于支付宝在电子商务中的地位。是一个承上启下的桥梁作用。业务架构上，电商不需要自己管理物流交付（fulfillment），只要和菜鸟签约进行B2B的商务活动，由菜鸟完成商品的最后交付。因此，菜鸟不仅仅为阿里系的商家服务i，也可以为京东，国美，一号店之类的其它电商服务。而菜鸟拥有众多的第三方物流公司加盟到菜鸟网络。使得菜鸟的实际物流交付能力达到和超过现在任何一家快递物流公司。并且价格会更便宜，效率会更高。对电商来说，可以降低运营成本，提高物流容量，保证货物交付。避免由于商家过分依赖单一物流公司，而导致该物流公司超负荷运营，耽误货物的及时交付。
菜鸟是一个高智能的IT系统，他会对接受的的货物交付订单进行分析，并对加盟的第三方物流公司的运营情况动态监控和分析，并对该物流的交付容量和成本，服务质量进行跟踪和评估。及时将订单发给最佳物流交付能力的物流公司。从而降低总体的运营成本，提高交付速度。
比如说，菜鸟会根据订单的起始地址和到达地址，自动找出下属物流公司最近的营业部，去取货和送货，并且对该营业部实时的物流容量进行检测，确认该公司有能力及时处理物流交付订单。
为了达到马云的24小时交付的承诺， 菜鸟针对物流订单属于大城市群（如京津唐，长三角，珠三角）可以直接交付下属第三方物流公司执行， 对于全国性的电商的货物交付，菜鸟应该有一个分布式的仓储，来满足该电商在当地的货物库存，以便可以在24小时内将货物交付给终端用户。所以，菜鸟也会有自己的仓储公司，或者第三方加盟的仓储公司来满足全国性电商的铺货要求。菜鸟能够适时地监控库存并及时反馈给电商以便对当地的商品库存进行及时的补货。
菜鸟的核心应该是一个高度复杂的IT系统，可以对上游的电商和下游的物流公司进行实时的B2B交互。可以通过web services集成各种第三方服务，SOA架构进行业务流程（BPM）的构建和重组。具有智能决策系统（Business rules), 业务流程监控（BAM）功能。同时也是一个分布式，高可用的，搞可扩展的智能系统以满足上下游企业对物流智能网的基本要求。
这只是我个人的观点，有兴趣的吧友可以通过以下邮件或者本吧和我交流看法。
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