黄曲霉毒素作用的靶器官是肝脏，短时间内摄入大量的黄曲霉毒素，会迅速造成肝细胞变性、坏死、出血及胆管增生，此病通常与严重受黄曲霉毒素的污染的粮食特别是玉米有关，给动物喂食含黄曲霉毒素的日粮之后猪群会出现精神沉闷、厌食、体重降低、肝脏中毒等症状；鸡群则出现精神沉郁、翅下垂、羽毛松乱、产蛋量降低等症状；乳牛群长期采食黄曲霉毒素超标的饲料，会出现严重的健康问题，症状包括腹泻、急性乳房炎、呼吸系统失调、直肠脱垂等。乳牛黄曲霉毒素中毒的另一个特点是黄曲霉毒素B1羟化为黄曲霉毒素M1和黄曲霉毒素M2后分泌在牛乳中，危害犊牛，也危及人类健康。
黄曲霉毒素对各年龄段的家畜都有影响，一般情况下，动物年龄越小敏感性越高，怀孕母畜比未怀孕母畜更敏感，营养状况越差越容易发病。