无纺布育苗容器作为一种新型育苗容器，其基质材料种类繁多，由于生产材料的厂家粗放式开采，致使育苗容器在配置基质内存在病菌，这些病菌如果不进行全方位的消毒，对于育苗的危害是巨大的。所以在育苗容器使用前一定要进行杀毒。
无纺布育苗容器的消毒方式有不少选择，如蒸汽消毒，化学药剂的消毒还有一种非常简单方便的消毒方式：太阳能消毒，这三类是目前最广泛的消毒方法，下面，笔者就三种消毒方式给大家做一些详细介绍。
（1）成本低，操作方便的消毒方式
在广大苗圃中，采用最普遍的就是化学药剂消毒，其成本低，操作也极为方便，一般常用的化学药剂多为高锰酸钾，40%的甲醛等，多是喷洒于基质上，然后温室进行封棚，等待2天左右后进行通风，去除异味，方可育苗。高峰酸钾此类喷洒后，育苗前得用清水进行清洗，将毒性去除。
（2）安全可靠的消毒方式
蒸汽消毒是最为安全可靠的消毒方式，但是却需求设备，成本高昂且操作不便，每次消毒需将基质装入设备中，进行蒸汽密封消毒，在70~90°C的高温下，将病菌杀死，基质的湿度也要控制在35~45%左右，否则会造成消毒效果的降低。
（3）最安全，成本最低，最简单实用的基质消毒方式
太阳能消毒，是目前最为简单实用的消毒方式，不需要任何设备，在近年温室栽培中应用最 为普遍。具体方法为：在高温日期，大棚或者温室内，将基质进行规范堆积，不可过高，具体长宽视具体情况而定。堆放整齐过后，开始喷湿，使其含水量超过80%,覆盖好塑料薄膜。
并且封闭温室或大棚。暴晒10天。此种方法效果最佳。
此三种方法，各有其优异的特性，其中太阳能消毒成本最低，蒸汽消毒与药剂消毒效果要好一些，但是蒸汽消毒的成本过高，药剂消毒会残留毒性，如何选择，育苗用户要慎重选择。