汉藏语系的语种及分类历来说法不一，比较通行的有两种分类法。一种是分为汉语、藏缅语族、苗瑶语族、壮侗语族（或称侗台语族、侗泰语族、台语族等）。最早提出这一分类法的是李方桂。他在《中国的语言与方言》(1937)中提出汉藏语系分汉语、侗台语族、苗瑶语族、藏缅语族，在1973年发表的同名论文中仍坚持这个分类法。中国学者罗常培、傅懋在《国内少数民族语言文字的概况》(1954)中提出的汉藏语系分类表，与李方桂的分类法大致相同。20世纪50年代以来，中国学者大都采用罗、傅二人的分类法，认为壮侗语族、苗瑶语族同汉语、藏缅语族不仅在现状上有许多共同的特点，而且存在发生学上的关系，应属同一语系。另一种分类法以美国学者白保罗为代表。他在《汉藏语概要》(1972)一书中，把汉藏语系分为汉语和藏-克伦语两大类，又在藏-克伦语下面分藏缅语和克伦语两类。他认为苗瑶语、壮侗语同汉语不存在发生学上的关系，其相同或相似之处或来自相互借用，或来自类型学上的一致。他还认为苗瑶语和壮侗语在发生学上同印度尼西亚语有密切关系,应属同一语系,称澳泰语系。并举出一些壮侗语同汉语不同源但同印尼语同源的词，以此证明其论点。早在1942年，白保罗在《台语,加岱语和印度尼西亚语:东南亚的一种新联盟》一文中就已提出台语同印尼语的亲属关系。后来他的观点又进一步发展，于1965年提出了建立澳泰语系的主张。以上两种不同分类法分歧的焦点在于：苗瑶语、壮侗语同汉语之间相同或相似之处是发生学上的同源关系，还是类型学上的一致或是借用关系。有些语言的分类问题，还存在不同意见。如：有人认为应立羌语支，包括羌语、普米语、嘉戎语等；有人则认为这些语言应属藏语支。过去许多人认为白语应属彝语支，而后来有人又认为应分属另一语支。有人认为独龙语应属景颇语支，怒语应属彝语支。对畲语的系属也有两种意见：一些人认为属苗语支，另一些人认为属瑶语支。仡佬语的系属，中国学者一般认为应属壮侗语族，国外有的学者认为应属澳泰语系。在藏缅、苗瑶、壮侗3个语族中，藏缅语族悬而未决的问题最多,反映出这一语族分类上的复杂性。此外，京族语言的系属尚有争论：有人认为属汉藏语系，而有人认为属南亚语系。由于社会和语言发展过程中的种种因素，在语言和民族的关系上出现许多复杂的情况。多数情况是一个民族使用一种语言,但也有一个民族使用两种或3种语言的。如瑶族使用3种语言：瑶语支的勉语,苗语支的布努语和壮侗语族侗水语支的拉珈语。景颇族使用两种分属不同语支的语言：景颇语支的景颇语和缅语支的载瓦语。藏族除使用藏语外，有一部分使用嘉戎语，等等。还有一种特殊现象：居住在海南岛的苗族，不说苗语而说瑶语。