公元十五世纪,大明帝国的政治和经济都发展到了顶点,可谓国富民强,兴盛一时,但程朱理学的兴盛树立起了严苛的礼教制度,女子社会地位极其低下。当时行医的大夫全为男性,女人一旦生病,往往无法得到及时诊治,甚至有些家世甚好的女性,也因为害羞,无法详细向男性医生描述自己的病情,因此女性死亡率奇高。
御医世家之后谈允贤,自幼目睹祖父和哥哥死于奸人之手的惨痛变故,随父亲改名换姓远走边疆,以求一家平安。但有着一颗善良内心的她忍不住偷偷随祖母学习医术,回到京城后几番遭遇危机,都勇于出手救人,凭借高明的医术结交了郑奇等许多朋友,还赢得了“活菩萨”的美誉。
在一次意外中,允贤救下了遭人追杀的朱祁钰,两人互生好感,心心相印。当允贤因为抛头露面治病救人而被认为闺誉有损,朱祁钰挺身而出,亮明皇子的身份、以求亲来化解了允贤的危难。谁知好景不长,两人的婚事遭到了朱祁钰母亲吴太妃的坚决反对,她一心要把儿子的婚姻当做政治筹码。
失意的允贤得到了皇帝的帮助,原来郑奇的真实身份是明英宗朱祁镇,他早就爱上了允贤,却因为不愿夺兄弟之爱而压抑自己的感情,只在允贤想在宫廷行医的时候替她扫除舆论障碍,在她心上难过的时候排忧解难,在她生命危急的时候出手相助。
瓦剌大兵压境,祁镇御驾亲征,无所适从的允贤假扮军医跟随而去,没想到这一去遭遇的是土木堡之变,英宗沦为俘虏,大明危急,朱祁钰被拥戴为帝。允贤坚定了求生的意志,她凭借医术在敌军中树立个人地位,不断鼓舞朱祁镇重新振作。两人在绝境中互相帮助,产生了真挚的感情。
朱祁镇历尽艰难终于重归故土,允贤面临情感的两难选择,却发现朱祁钰早已被权力蒙蔽了心智……
经历了人生坎坷波折的允贤从未放弃事业的追求。她在宫廷中开创了女医制度,又在民间设立医馆,广招学徒,既做到了悬壶济世,又从实际意义上提高了古代女性的地位。
多年后,明朝政局稳定,朱祁镇主动离开权力中心,遍走江湖,只为寻找允贤共度此生……