1995年,波特曼接连演出了《盗火线》、《大家都说我爱你》及《火星人玩转地球》等片,也在电影《美丽佳人》中担任主角 。
1997年,波特曼推掉了《洛丽塔》和《罗密欧与朱丽叶》的片约而去参演舞台剧《安妮日记》 ,饰演安妮·法兰克。她起初因电影《管到太平洋》中有全裸戏而推辞了的邀约,但在导演王颖与演员苏珊·莎兰登要求修改剧情后,加入了该片的演出阵容。该片于1999年末上映,波特曼以片中安·奥格斯特一角获得金球奖最佳女配角提名。
1998年,波特曼主演了《星球大战前传三部曲》中帕德梅·艾米达拉一角。
1999年,成了娜塔莉·波特曼人生中的一个重要转折点,因为在这一年里,她顺利的进入了哈佛大学。
《星球大战:幽灵的威胁》于1999年初上映后,波特曼就与《女孩第一名》剧组签约,在片中领衔演出坚毅的年轻妈妈。她同时接到了耶鲁大学和哈佛大学的录取通知书,最终选择到哈佛攻读心理学。在完成拍摄《女孩第一名》后,波特曼搬进了哈佛大学宿舍,专心攻读心理学学士。就读哈佛期间,波特曼担任过政治评论员的助手,展现对社会议题的关心。她曾投稿至哈佛的学生报,回应一篇反以色列的文章。
评价:
在电影史上的所有童星中,波特曼是最独特的一个。她不像秀兰·邓波儿那般以欢乐歌舞取悦观众,也不像《哈利·波特》中的赫敏扮演者艾玛·沃特森以一头金发赢得粉丝,她的早熟、镇静甚至是冷酷征服了很多观众。多年后,波特曼回忆童年时说:“我一直都想快点长大,希望我的言行举止都能像大人一样。”
在影片引起轰动后,波特曼果断拒绝了好莱坞,她的父母也支持她的决定。从4岁到13岁,波特曼一直学习舞蹈、表演舞蹈,她的妈妈甚至在她小小年纪时就聘请了专业经纪人。但在波特曼一夜成名后,她的父母却没有去帮女儿签各种合约,而是把她保护起来。比起涉足影坛,他们更支持女儿向着心中的名牌大学目标而努力。
波特曼说,因为她是独生女,因此与父母的关系格外亲近。从儿时起,她便努力让父母满意,涉足影坛后也不会去接拍那些让父母感到不舒服的影片。她那当医生的爸爸给了她过人的学习能力,当艺术家的妈妈则赋予了她敏锐的艺术直觉。更重要的是,她的父母从未被女儿的少年得志冲昏头脑,他们给女儿最珍贵的礼物,不是天分,而是明确的人生目标,不断追求更高人生境界的决心和魄力。