据段玉裁等训诂学家考证，嬴姓应始自皋陶（先秦偃和嬴为同一姓），伯益为皋陶长子。秦祖为伯益，据西周早期秦公墓出土石磬刻有“高阳有灵，四方以鼐”，证明秦祖伯益明为高阳氏颛顼的后代。 且《左传》载皋陶为高阳氏八恺之一。西汉《史记》中所载嬴姓内容为孤证，且《史记》中甚至连西周末期的共和行政的记载都被证明为伪（据出土战国的清华简《系年》），则西周早期秦公墓（秦公一号大墓）的记载远较西汉的《史记》可信。 且三皇五帝至于夏商周秦，极为重视贵族血统，刘邦以一介平民代秦建立汉朝，其后世为了提高正统性，篡改删节太史公之《史记》，污蔑贬低嬴姓。
司马迁在《秦本纪》中叙述了“邑之秦，使复续嬴氏祀，号曰秦嬴。”“秦之先为嬴姓。其后分封，以国为姓，有徐氏、郯氏、莒氏、钟离氏、运奄氏、菟裘氏、将梁氏、黄氏、江氏、修鱼氏、白冥氏、蜚廉氏、秦氏。然秦以其先造父封赵城，为赵氏。”而且东汉大学者王符在《潜夫论·志氏姓》中就明说：“李、梁、葛、江、黄、阮、寥、诸葛、英、赵、秦、沈、徐，皆皋陶之后也。”皋陶之后有八支都为伯益的嬴姓十四氏。

《史记》在流传过程中，也窜入了其他文字，失去原貌。今本《史记》中有些篇章或者有些段落不是司马迁所撰写，明显有补窜痕迹，如《司马相如列传》有扬雄以为靡丽之赋劝百而讽一之语，《公孙弘传》中有汉平帝元始中诏赐弘子孙爵语，《贾谊传》中有贾嘉最好学、至孝昭时列为九卿语，等等。而对于《史记》缺篇的补写，裴骃在《太史公自序》末注文中引三国时张晏的话，说《史记》亡十篇，“元、成之间，褚先生补续，作《武帝纪》、《三王世家》、《龟策》、《日者列传》，言辞鄙陋，非迁本意也。”认为褚少孙补了亡佚十篇中的四篇。张守节《龟策列传·正义》则认为褚少孙补十篇，赵翼《廿二史札记》卷一也认为褚少孙补十篇。但是，据《汉书·艺文志》、《论衡·须颂篇》、《后汉书·班彪传》注及《史通·古今正史篇》等，西汉后期补续《史记》的多达17家。张大可认为真正补续的只有褚少孙一人，其余均为续写西汉史，大都单独别行，与褚少孙续补附骥《史记》而行不同[8]。赵生群则根据有关资料，认为真正补续《史记》的除褚少孙之外，还有冯商，《汉书·艺文志》对冯商所续《太史公》保留七篇，当是补亡之作；删除四篇，应是续《史记》之文。[9] 《史记》中哪些属于窜入文字，古今以来的学者也有许多看法。最有代表性的是崔适，他在《史记探源》中认为，《史记》属于今文学，由于刘歆的窜乱，乃杂有古文说。刘歆伪造《左传》，凡《史记》中出于《左传》的内容，皆为刘歆所窜入。而且，崔适列举八条理由证明《史记》断限止于“麟止”（汉武帝元狩元年），所以，“麟止”（元狩元年）后的记载皆为窜入。他认为，《史记》中有29篇为后人所补和妄人所续，它们是：《文帝纪》《武帝纪》《年表》第五至第十（6篇）八书（8篇）《三王世家》《张苍传》《南越传》《东越传》《朝鲜传》《西南夷传》《循吏传》《汲郑传》《酷吏传》《大宛传》《佞幸传》《日者传》《龟策传》。崔适还认为《年表》五至九为褚少孙所补，其余妄人所续[10]。崔适的一些观点颇有偏激之处，朱东润《史记考索》附《史记百三十篇伪窜考》一文[11]，对“十篇亡佚”和崔适提出的29篇补续及其他说法涉及到的篇目共48篇进行辨析，有肯定前人者，也有反驳前人者。 据日本学者泷川资言《史记会注考证·史记总论》“史记附益条”，涉及《史记》补窜的篇目有34篇。

《后汉书·杨终传》云，杨终“受诏删《太史公书》为十余万言”。表明东汉皇室依然不愿全部公开《史记》，只让杨终删为十多万字发表。被删后仅十余万言的《史记》，在汉以后即失传，以后一直流传的是经续补的《史记》。

今本《史记》一百三十卷，篇数跟司马迁自序所说的相符。但《汉书·司马迁传》说其中“十篇缺，有录无书”。三国魏张晏注：“迁没之后，亡景纪、武纪、礼书、乐书、兵书（即律书）、汉兴以来将相年表、日者传、三王余篇”，班固在《汉书·艺文志》中著录冯商所续《史记》七篇。