问题一：当初在含香和阿里和卓离别时出现的黑衣人的身份
推测：大乘教教徒
其实从公开内容我们是真的猜不太出他们的身份的。由于没有拿到肉的允许，我这段也是完完全全就是猜测，遭到推翻的可能性实在很大，只能坐等打脸。
当初肉对我们提出的几个猜测，比如老佛爷和皇后都做出了否决，似乎我们已经无从猜起。但原文中永琪敷衍皇阿玛的借口使我们有了新的突破口。
如果和亲失败，战争再起，那么得利的有谁？
图谋推翻清国的人，和回族阿里部的敌人。

为什么这两个集团的人会获利呢？
对于图谋推翻满清的人来说，如果皇上龙颜大怒，重兵攻打小阿里部，那么大清国内国防必定有一段时间的空缺。这时如果国内有人起兵，那么一定比平常容易太多。
对于回部内的其他族群来说，阿里部是回疆内势力最强的一个部落。但皇上攻打阿里部多年，已经使阿里和卓他们吃不消了，这才不得不把含香献给皇上。而如果风波再起，阿里部再遭攻打，他们的地位就将被其他部落的人取而代之。

1一一一我很同意你提及的註謎團。2一一一不知你還有沒有其它的，不彷可以讓大家分享。3一一一其實，以前看文的那些日子里，我也把謎團寫下來，期望肉會在文里交待。但是似乎肉不會再更文，所以我沒有保留筆記了。

肉又出现啦

而断定是大清的反贼而不是回疆中人，则是由于小说有关于回疆的暗示太少，有关于反贼的暗示太多。
小说中，暗示回疆中有人想要谋害香妃的除了这段之外，就只有护身符事件。
但有反贼造反之事，则是肉从东窗事发那天那句“清狗”，一直暗示到今天为止。如果说是这些反贼当初劫持香妃，那么小说整体就显合情合理了。

接下来则是对肉的隐藏章节的一些假想。
最近的几个公开章节里，皇上已经知道永琪他们做的事情，又说自己从来都是输的那个。那么他的圣旨大概就是赦免他们几个。
可是肉既然已经快更到了序章那里，永琪想的却是皇上要对他们赶尽杀绝。（我们看到的圣旨是活捉永琪，那么永琪其实仍然有生还和申辩机会，皇上并没有彻底断了他们的生路）
那么，永琪一定对皇上有点误会，比如说，有人假传圣旨说要对永琪也杀无赦。
这人既然胆敢假传这样的圣旨，他一定吃准了皇上确实可能升起了连永琪一起杀的想法。
那么，是什么导致了皇上可能要连永琪一起杀呢？

我们先再回到阿里和卓与香妃遇袭的那个事件，站在【那些御林军】的立场上去重新审视整个事件，除了那些黑衣人外，这个事件其实还有一个疑点：
那就是永琪的命令。
对待那些回人的尸体，永琪的命令是“护送娘娘要紧！那些尸体不要管了！”
而对待黑衣人，永琪的命令却是“把尸首带回去！”
如果我是那些御林军，我一定会疑惑。既然护送香妃能让你这么点时间都不能耽搁，那么把黑衣人的尸体带回去难道就不耽搁时间呢？既然你有带回黑衣人的时间，那么为什么就没有带回回人尸体的时间？
如果再仔细想想，我不难得出的一个结论:永琪有意在掩藏什么。
然后我们再回到当前的局势中来，既然皇上已经昭告天下宽恕他们，为什么还有人敢假传这样的圣旨呢？
除非他笃定永琪有一定会被皇帝下诏追杀的理由，比如勾结反贼劫持香妃

那他又怎么知道皇帝会得知了这件事呢？
我们再回到前面几章去，可以看到有人写匿名信告发永琪他们的下落。但这不是我们的重点，重点是会不会有人写匿名信告发永琪勾结反贼劫持香妃呢？
而假传圣旨和告发永琪的，会不会是同党呢？这样，或许就能解释永琪为什么会得到这样一道圣旨了。
可是又一个问题来了，永琪毕竟是皇上的亲骨肉，这样诬告永琪，皇上真的会轻易相信吗？除非，举报的人有充分的证据证明永琪确实有这样做。
比如说，他得到了那个黑衣人的尸体，并且知道永琪当天的不自然的举动。
那么，他就可以将永琪的举动解释成他想要销毁证据，才把唯独把那个黑衣人的尸首给收回去。
那么得到黑衣人的尸首怎么就能够确定永琪勾结反贼呢？

让我们再回到永琪他们搜寻燕子和紫薇的时候
当时各位一定已经注意到这样一个细节：
【方才我撕破了一个蒙面人的袖子，他的臂膀上好像纹着两个字，像字好像又不是字，是……是两个图……好像是日和月……】
如果还不懂我在表达什么，请再看这段：
【么就是反清复明！”沉默一会的永琪突然眼前一亮。】
这里我们可以看出这些组织的目标是反清复明，而他们的纹身，就是他们的标志。
那么，如果那个黑衣人的尸首也有着同样的标志，我们就可以确定劫持香妃的人，也同属于一个组织。
那么，这个组织是什么组织呢？
这还要从他们的目标说起。

不知道大家有没有觉得很奇怪。要想反清复明固然要找到一个合适的切入口，可这需要一直追杀永琪他们吗？要知道，即使永琪他们死掉，对这个组织的目标也没有半分影响。除非他们和永琪他们有着私怨，比如说，他们曾经导致他们组织损失惨重。
而原著中，恰恰就有这么一个因为永琪他们而损失惨重的有反清复明属性的组织：大乘教。
当初永琪他们随乾隆微服出巡，途中遇到大乘教教徒刺杀皇上，紫薇为皇上挡了一刀，这点我们都知道了。那么我们同样可以猜到的是，事后乾隆必定震怒，已经救驾来迟的当地官员一定不敢不彻查大乘教，他们也必定伤亡惨重。而佼幸逃脱的教徒，或许就对永琪他们怀恨在心，因此就到京城寻求报仇并且颠覆政权的机会。

问题2：当初永琪护送含香与蒙丹见面时，刺杀他们的人是谁？
看了上方的推理，再结合这样一处细节
【清狗，往哪里跑！”一人喝道。】
各位大概基本确认第一批刺杀永琪他们的很可能是大乘教教徒，但为什么大乘教教徒知道香妃在这里，并且还设下了埋伏？另外一批人又是什么人呢？我们不如再回到事发当晚，再找一找蛛丝马迹
【终于对方发声了，但那声音怎么听都像是刻意，似乎是刻意模仿外地来人，尤其是回族。】
【他一面抵抗这两人，也没忘了观察，这两人虽然故意模仿外地口音，但这一招一势很明显就是中原的打法，甚至……】
【“我知道你们是哪方人马了！”永琪大喝，一剑撂倒了一个黑衣人。】
从永琪这段内心独白，我们可以看出他已经知道追杀他们的人的武功来路。那么所谓的甚至，指的是不是皇宫中人呢？
要知道，永琪毕竟是从小在宫内长大，武艺也是在宫内学的。那么宫内的人的身形套路他一定非常熟悉，这才可能让他一下就猜出对方的来历。
如果说这里我们只能圈定是皇宫中人刺杀他们，那么下面这段基本上可以确定是宫中哪个人了。
【容嬷嬷应得及其得意、响亮，双手捧上了个木盒子。】
【物证？永琪二人心头一阵咯噔，还有什么物证会没有处理好？乾隆掀眉，一手撩起了木盒子里的一块锦布，别说是别人了，就连永琪也吓得满脸惊恐，连退了几步，手牢牢的抓着袖口，心尖一抽一抽的打颤。因为乾隆手中的那布料，正是来自他身上的衣服！】
各位要清楚的一件事是，这块布料是用来推翻永琪的不在场证明的。那么，能断定这块布料是从现场的人拿的人，就一定是在现场。
而出现在现场，有机会扯走永琪身上布料的，就只有那两批黑衣人。
那么，那批黑衣人的主人，就只能是皇后了。

问题3:帮助永琪劫囚车的黑衣人究竟是什么人？
其实更文当时很多人都已经猜到那些黑衣人是敌非友，我跟大家的猜测一致，原因如下:
首先，这些黑衣人如果真的是有心帮助永琪他们，那么为什么一定要大喊一句五阿哥呢？他完全可以低声对永琪喊这句话啊。说这话，简直就像是故意暴露他的身份一样。
其次，当时现场有这么一个细节:
【场面再次大乱，永琪一面抵挡一面对柳青喊，让他别伤了监斩官。】
可见即使走到了这一步，永琪他们也并不想对皇上的手下杀手。事实上，以永琪的性格，也不可能会这样做。
但是，当时帮忙的黑衣人是这么做的:
【黑衣人各个身形魁梧，尽管蒙着脸，但依旧眼里都透着腾腾的杀气，几乎是眨眼的瞬间，数个围攻而上的侍卫就惨叫倒地。】
【黑衣人像是训练有素般，眨眼的瞬间就排成一排，手上那些明晃晃的剑、刀，无不透着杀气。侍卫们刚挪了步子，却又被逼了回去。有个别胆子大的，刚一动，还没有来得及惨叫，就已经吐血身亡了，那速度之快、力道之猛，直叫百姓们都傻眼了。】
如果他们真的是受人之托帮永琪的话，那个人真的会不了解皇上也不了解永琪吗？他难道真的会可以无视掉这样做皇上会有震怒的可能吗？
事实上，事后皇上的反应是这样的
【黑衣人？那是何方人马？”乾隆被这个事实震惊的连退了几步，他几乎不敢相信，两眼瞪圆了：“他们居然还勾结外人来违抗朕，背叛朕！”】
并且，从他们一击就能致命的实力来看，他们连失手伤人的可能都没有。
那么，派这些人来的是谁呢？
事先知道永琪要劫法场有两个人，一个是令妃，一个文中没有交待，但事实上这两个人都不是派人来救的人，因为这两个人都很明白永琪并不是要打算伤人性命的人。
但是，小说里同样暗示了另外一人也知道永琪要劫法场。各位且看以下几个细节:
【皇后听了，心里顿生嫉妒之气，冷峻的声音从鼻子哼了出来：“既然是一点小伤，连老佛爷都去了，是不是令妃也跟着过去？”
“这到没有，筵禧宫没有什么动静！”】
【对了，我吩咐令妃娘娘带来的东西，带来了吗？”
尔康把一个不知道装着什么东西的包袱递给他：“这是什么？”
永琪接过包袱，指了指，神秘的笑笑：“明天的计划，得靠它帮点忙，也不晓得管用不？”】
那么，黑衣人是谁派来的，已经呼之欲出了吧？

事实上，从以上几个推断里，我们已经对在整个故事推波助澜的幕后黑手有了一个大概的定论，这里再补充一个疑点，关于最后几章的细节的
【原来，他和尔康俩人“又”夜探县衙去了，但这回的情况却截然相反。两人好不容易找到了县官，这县官问也不问就喊人驱赶他们。尔康只好擒住县官并厉声质问乞丐的事。】
要知道，一般的官员如果知道当地有人聚众闹事，还是煽动群众反清复明这么大的事，恐怕早就上报给上级了。毕竟满清当时即使一句诗用词不当都可能被曲解然后满门抄斩。更何况是包庇乱党呢？
既然这个官府居然敢冒着这么大的风险去包庇这群乞丐，那么他必定有信心能把自己摘出去，也就是说，京城有人让他这样做，还能保住他。
而有这么大势力的，恐怕就只能是皇亲国戚了。

事到如今，如果有最近的章节里皇后在得到皇上重视问话时出现了一些不符合【高兴】这一的反应，那么我们基本上可以断定皇后确实勾结大乘教教徒谋害永琪他们了。
毕竟，遭皇上冷落多时的皇后如果得到皇上重视，她应该高兴才对，可她却出现了其他的心态。那她必定在担心些什么，比如说假传圣旨的事会不会被皇上发现了。
毕竟，能对皇上出现了宽恕永琪他们的想法了解的那么快的，就只有他身边的人了。而这时告发永琪，是因为永琪他们如果得到了宽恕乃至申辩的机会，那么第一个怀疑目标就必定是她。
而她引发皇上对永琪他们误解的底牌，就是当初劫持香妃的黑衣人的尸体。