首先茎干形成气生根的生理现象,从表面分析是根系缺氧而出现的生长补偿现象,通过形成大量曝于空气中的气生根来获取氧气。但从机理来说,气生根的形成是番茄处于环境胁迫状态,体内合成大量的乙烯,乙烯对不定根的形成具有增益作用,这在快繁的生根研究中已明确。随着气生根的不断发育,还会出现茎干空心化发育,这与水培诱导形成通气组织的机理相同,因乙烯会促发纤维素酶的形成,纤维素酶导致细胞壁溶解所致,也是根系缺氧后的生理补偿现象,通过形成通气组织以解决供氧问题。
伴随气生根形成,还会出现偏上生长特性,即叶片下垂,叶片中肋扭曲,如果随着根系缺氧的加剧,最后叶片发育越来越小甚至褪绿黄化。这与根系氧分压小,供氧不足,根系活力下降,合成细胞激动素减少有关,因为根系的根尖是细胞激动素合成的主要场所。细胞分裂素通过促进核酸及蛋白质的合成,而促进细胞分裂与叶绿素的形成和抑制叶绿素分解或者影响输导组织的形成,另外对气孔开闭也起作用。在供氧不足时,木质部溢流液中细胞激动素浓度相应减少,随而引起叶片的偏上性运动(是因细胞激动素的减少或者乙烯作用所引起的高浓度生长素所致)。另外缺氧时,根合成的赤霉素也相应减少,叶面喷施赤霉素可起到缓减作用