明正统十三年(1448年),吐鲁番地面也密力火者吞并火州、柳城,称王。王都安乐城(今吐鲁番市东郊安乐故城)吐鲁番的政治、经济、文化中心开始在现今的吐鲁番市形成。明成化二十三年(1487年),阿黑麻在东察合台汗国东部的吐鲁番称汗,建都吐鲁番(安乐城)。明隆庆四年(1570年),叶尔羌汗国占领吐鲁番,吐鲁番属叶尔羌汗国。清康熙十七年(1678年),准格尔汗国曾一度控制吐鲁番,与清朝反复争夺。清雍正十年(1732年),准格尔进攻吐鲁番,额敏和卓不敌,率部八千余人迁入甘肃瓜州(今甘肃安西)。清朝乾隆二十年(1755年),清平定准格尔,吐鲁番属清王朝。1756年,额敏和卓率部迁回鲁克沁(今鄯善县鲁克沁)。清乾隆二十三年(1758年),清封额敏和卓为郡王。清乾隆二十四年(1759年),清置辟展(今鄯善县城)办事大臣及同知,隶甘肃布政司。建吐鲁番六城:辟展(今鄯善县城)、吐鲁番城(今吐鲁番市东南)、鲁克沁、色更木(今胜金)、哈喇和卓、托克逊。办事大臣驻辟展。设办事大臣后,吐鲁番实行军府制与扎萨克制并行,扎萨克由郡王担任。清乾隆三十六年(1771年)设辟展巡检。清乾隆四十四年(1779年),辟展办事大臣改为吐鲁番领队大臣,及同知,移驻广安城(今吐鲁番市老城),行政中心移至今吐鲁番市。清同治九年(1870年),浩罕汗国阿古柏侵占吐鲁番、辟展、托克逊各城,在各城建回城。清光绪三年(1877年),清收复吐鲁番、辟展、托克逊。清光绪十年(1884年),新疆建省。吐鲁番直隶厅成立,辖今吐鲁番、鄯善、托克逊范围。清光绪二十八年(1902年),辟展巡检改置为鄯善县,隶属吐鲁番厅。中华民国时期,扎萨克制废弃。民国初年,吐鲁番市仍沿袭清建置。民国二年(1913年),吐鲁番直隶厅改置为吐鲁番县,辖今吐鲁番市、托克逊县范围。同与鄯善县隶属迪化道(今乌鲁木齐)。民国九年(1920年),吐鲁番县、鄯善县属焉耆道。民国十七年(1928年),县公署改为县政府,县知事改为县长,县下设乡,改乡约为农官。民国十九年(1930年),置托克逊设治局。民国二十二年(1933年),推行县、区(乡)制。民国二十五年(1936年),置托克逊县。民国二十七年(1938年)后,吐鲁番、鄯善、托克逊三县先后隶属迪化行政区,迪化专区。民国三十三年(1944年),国民党政府推行乡(镇)、保(甲)制。民国三十八年(1949年),吐鲁番县共有3镇、9乡、68保、795甲;鄯善县2镇、5乡、24保、196甲;托克逊县1镇、3乡、20保,120甲。1949年,中华人民共和国成立。9月25日、26日新疆国民党通电起义,吐鲁番、鄯善、托克逊三县和平解放。1950年,三县废除保(甲)制,建立人民政权,实行区(乡)、村制。1950年,三县共划区12个、乡48个。吐鲁番县辖区5个、乡16个。鄯善县辖区4个、乡16个;托克逊县辖区3个、乡16个。1950年至1957年,三县隶属迪化专署(后改为乌鲁木齐专署)。1958年,改区(乡)制为社(镇)、队制。1958年至1969年,三县属自治区直辖县。1970年至1974年,吐鲁番县、托克逊县隶属乌鲁木齐市。鄯善县隶属哈密地区。1975年7月,吐鲁番市成立,辖吐鲁番、鄯善、托克逊三县,共有镇3个,公社17个,园艺场2个。吐鲁番县辖镇1个、公社7个、园艺场1个;鄯善县辖镇1个、公社6个、园艺场1个、托克逊县辖镇1个、公社4个。1984年,全市推行乡(镇)、村制。同年12月,经国务院批准,吐鲁番县改置为市。现吐鲁番市辖吐鲁番市 、鄯善县、托克逊县。共有镇10个,乡15个,民族乡1个,街道办事处2个。吐鲁番市下辖老城路办事处、高昌路办事处,七泉湖镇、大河沿镇,亚尔乡、艾丁湖乡、三堡乡、二堡乡、葡萄乡、胜金乡、恰特喀勒乡。鄯善县下辖鄯善镇、鲁克沁镇、连木沁镇、鄯善火车站镇、七克台镇,东巴扎回族乡、辟展乡、达朗坎乡、迪坎乡、吐峪沟乡。托克逊县下辖托克逊镇、库米什镇、克尔碱镇,夏乡、郭勒布依乡、伊拉湖乡、博斯坦乡。2015年4月,国务院批复同意撤销吐鲁番地区和县级吐鲁番市,设立地级吐鲁番市;吐鲁番市设立高昌区,以原县级吐鲁番市的行政区域为高昌区的行政区域;吐鲁番市辖原吐鲁番地区的鄯善县、托克逊县和新设立的高昌区。[2]