1990年担任南京军区男篮主教练，率队获得全国甲级联赛亚军、全军篮球比赛冠军等。曾两次担任中国青年女篮主教练，并获得亚洲青年女篮冠军。1997年至1999年担任调整中的中国女篮主教练，期间参加德国第11届世锦赛（获12名）；第12届泰国亚运会（获第2名）；日本第18届亚锦赛（获第4名）。
2000年至2004年任CBA陕西盖天力俱乐部主教练，使该队成绩由保级进入前八名。
2005年至2006年在上海交通大学体育兼职教授，并担任交大男篮主教练。当年率队获第一届中国大学生超级联赛第三名。 2007年去东莞的时候，东莞青年队在全国联赛中，连前十都进不了。俱乐部老板问马跃南，需要几年的时间，能为他拿个冠军回来；马跃南说：“3年！”结果，3年还没到，东莞青年队已经成了全国冠军。“其他队很多都改了年龄，以小打大，一开始肯定打不过；两年一过，身体上的差距没有了，我们的技术优势就体现出来了。16岁打28岁，打不了；但18岁打28岁，我是随便打！
”2009年全运会上率八一女篮拿到了冠军，马跃南赛后也被评为2009年全军最佳教练员，并荣立了一等功。
2013-2014赛季，在2013年12月16日中途接任四川金强男篮俱乐部主帅。
2014年12月23日，上海东方篮球俱乐部日前决定对上海男篮教练组进行调整，马跃南不再担任主教练职务。