首先大叔先是看穿了柯南的身份，知道了黑色组织的事情。决定和柯南联手对抗黑色组织。
市内发生多起凶杀案，柯南好不容易推理出凶手是谁，却抓捕凶手的时候却都让他们给跑了，后来发现凶手也被不明人士杀了。在这期间，琴酒的保时捷频频出现。贝尔莫德变换身份接近警视厅。
柯南于是发现这件案子并不简单，这些凶手都是被黑色组织的人杀的。可能涉及到黑衣组织，甚至黑色组织的人已经派了卧底潜伏在警视厅。同时大叔，目暮也开始怀疑警视厅出现内鬼。
大叔经过各种推理，终于发现了内鬼是谁，但却没有告诉任何人，因为这个内鬼是他的好朋友。此时内鬼在警视厅的天台发送情报，毛利大叔单独一人来到他面前说道：“警视厅的内鬼果然是你！”
镜头转移到柯南和目暮那里，柯南陷入了推理的困境。这时候枪声响起，所以人发现枪声从天台传来匆匆赶往天台。镜头再一次切换，毛利大叔倒在内鬼面前，内鬼夸奖了大叔几句，居然能知道他的事情的真相。
此时柯南赶到，只看到中枪倒在地上的大叔，大叔说出了一个字后便昏迷不醒了。随后救护车将毛利送往医院抢救，虽然暂时救回条命，但仍然在昏迷中，而且随时都有生命危险。
柯南一直百思不得其解毛利最后的提示到底是什么意思。在看到小兰为大叔掉眼泪后，柯南终于爆发了。根据大叔的提示加上自己的推理，终于知道了警视厅内组织的内鬼到底是谁。但突然觉得大事不妙，因为内鬼随时会潜入医院对毛利行凶。
柯南赶紧通知目暮警官，自己一个人匆匆赶往医院，见到了在大叔病床前的那个内鬼，此时内鬼正准备停掉医疗仪器杀害毛利。柯南对着内鬼说出了一切真相，并将内鬼是黑色组织的人也一并说出来。内鬼边听边回忆起大叔的推理，两人的推理竟然一模一样。
内鬼笑着说你是怎么知道的，柯南表示是大叔那个提示告诉他内鬼是谁。内鬼表示毛利和你两人真的厉害，拿出枪正准备杀了柯南和毛利灭口。
正当柯南束手无策的时候，妃英理正好来看望大叔，打开病房看到这幅情景。此时目暮警官和一堆警察全都来了。内鬼发现事迹败漏，竟然挟持英里作为人质。
此时毛利突然醒来，用微弱的语气说道，放开她，不要伤害英理，不要伤害她。妃英理无比感动。但仍被内鬼挟持。后来凭借着柯南的各种主角光环加外挂，终于救出了妃英理。
内鬼也被逮捕，从内鬼身上套出的信息，柯南开始和黑色组织决战。
毛利大叔则是在这段时间在医院养病。并没有参与到主要剧情中，妃英理在照顾他的期间，两人重修于好，终于在结局的时候一家三口团聚了。
ps：我觉得这样应该是对毛利最好的结局了，既爆发智商上线了一次。又在结局柯南和黑色组织的对决中有理由完美酱油，将舞台留给柯南。最终的是，毛利终于有借口和妃英理重归于好了。当然，本文纯属虚构，如有和73雷同，纯属巧合！@终结确定