市面上商品有机肥的种类很多，而用于制作商品有机肥的原料更多，因此在选择合适的商品有机肥时需充分考虑它的原料。那么，哪些原料常被用做商品有机肥的原料呢？
1. 自然界中的有机物，如森林枯枝落叶。
2. 农业作物或废弃物，如绿肥、作物秸秆、豆粕、棉粕、食用菌的菌渣等。
3. 畜禽粪便，如鸡鸭粪、猪粪、牛羊马粪、兔粪等。
4. 工业废弃物，如酒糟、醋糟、木薯渣、糖渣、味精发酵氨基酸尾液。
经过无害化处理以后，这些原料生产的商品有机肥都可用于露天及棚室中果树和蔬菜施肥。

商品有机肥根据功能不同又分为很多种类，在补充有机质的基础上添加大中微量元素、甲壳素、生物菌等等不同的功能物质，使得商品有机肥的效果又大大提升。
常见的有以下两种类型：
1. 含有甲壳素的有机肥。
甲壳素的功能很多，很多农民也学会了使用甲壳素来生根养根，同时对于有根结线虫的土壤，可使用甲壳素与阿维菌素配合防治。
在有机肥中添加了甲壳素，在改良土壤的同时可利用甲壳素抑制霉菌等有害菌的滋生，提高放线菌等有益菌数量的特点减少土传病害的发生。
当蔬菜定植后，甲壳素养根护根的作用也可充分发挥出来。真正达到改土防病养根护根的效果。
2. 含有生物菌的有机肥。
生物菌与有机肥配合使用，能更快更好地改良土壤，主要有两大特点：
（1）富含有益微生物菌群，环境适应性强，易发挥出种群优势。
（2）富含生理活性物质，如吲哚乙酸、赤霉素、多种维生素以及氨基酸、核酸、生长素等。