目标：东京峰会！？
建立在东京湾旁的新设施：「海洋之际」（Edge of Ocean）作为了东京峰会的举办地。
在峰会开始举办的5月1日大约将会有超过2万的警察官出动在这栋超大建筑。但这栋建筑却发生了大规模爆炸事件！ 那边出现了隶属于操控全国公安警察的警察厅旗下的秘密组织，通称「零」的安室透的身影。
暗中行动的安室所做出的神秘举动不禁让柯南感到违和。

犯人是毛利小五郎！？
从沾在现场证物的指纹，犯人被断定是曾在警视厅任职的毛利小五郎！ 围绕在遭到逮捕的毛利小五郎，柯南和安室开始敌对了起来。柯南听说了过去曾经有一宗让安室将嫌疑犯逼到自杀的奇妙案件。然后，当决定要起诉毛利小五郎的时候，在陷入高度警戒状态的东京都内，突然在同一时间发生了多起无法解释的恐怖袭击！

复仇的倒数！
柯南和公安警察正在逼近隐藏在案件里的阴谋的时候，查到了在峰会当天，大型无人探测器「白鸟」将完成在火星的任务，回到地球。究竟，逐渐靠近的关键日会发生什么事情呢？神秘的存在•安室透是敌，还是友？
为了真相，正义，然后还有爱———。
当不择手段的「秘密任务」被执行的时候，无情的复仇之雨将会袭向该被守护好的东西！“将重要的东西守护到底”
然后，向令人吃惊的结尾发展！