（一）根
蓝莓为浅根系，没有根毛，主要分布在浅土层，向外扩展至行间中部。在一年内蓝莓根系随土壤温度变化有2次生长高峰。第一次出现在6月初，第二次出现在9月份。2次生长高峰出现时，土壤温度为14℃和18℃。土温低于14℃、高于18℃时根系生长减慢，低于8℃时根系生长几乎停止。根系生长高峰出现时地上部枝条生长高峰也同时出现。
（二） 根状茎
矮丛蓝莓根系的主要部分是根状茎。据估计，矮丛蓝莓大约85%的茎组织为根状茎。不定芽在根状茎上萌发，并形成枝条。根状茎一般为单轴形式，直径3～6mm。根状茎分枝频繁，在地表下6～25mm深的土层内形成紧密(穿插)的网状结构。新发生的根状茎一般为粉红色，而老根状茎为暗棕色并且木栓化。
（三）菌根
蓝莓根系呈纤维状，没有根毛，但在自然状态下，蓝莓根系与菌根真菌共生形成菌根。侵染蓝莓的菌根真菌统称为石楠属菌根，专一寄生于石楠属植物。目前已发现侵染蓝莓的菌根真菌有10余种。值得注意的是，几乎所有蓝莓的细根都有内生菌根真菌的寄生，从而解决蓝莓根系由于没有根毛造成的对水分及养分吸收能力下降的问题。近年来，众多的研究已证明，菌根真菌的侵染对蓝莓的生长发育及养分吸收起着重要作用。