一期剧情楼
【剧情一】圣塔利亚学院的开学之日,学园祭因为一次投毒事件导致了狼狈收场,相关的人员被清道夫清除了记忆。
【剧情二】投毒事件幕后黑手策划制作了了名叫“buff娃娃”的异能附着品,一个可怜的学生沦为工具,愤怒的报复着学院,既然弱者的怒吼没有用,就让自己变强!事件处理后他被从监狱【迷失之岛】救出。院长再次在事件背后看见了神秘组织【世界树】的图章。
【剧情三】科技侧老师兰斯洛特召集学生前往燃烧之剑屏障地区收集考察数据进行分析,不料屏障居然出现故障,被封锁的活尸逃出部分,更可怕的是引出了领导活尸的至高者——【牧人】。【第五牧人】与兰斯洛特展开激战,最后以兰斯洛特的舍命一击和第五牧人的逃离作为结局。而逃离的第五牧人,却被【另一个自己】摧毁……
而在学院,图书管理员卡罗利斯不慎在进行活尸研究实验时将【第六牧人】带回法塔,被第六牧人反杀后遭受深渊感染……
【剧情四】院长使用审判机甲的【尸骸行者系统】召回兰斯洛特并将其治愈,另一边的【第二牧人】与【世界树】组织达成目标,第二牧人展现出了作为牧人的真正实力,摧枯拉朽般将屏障尽数破坏。学院【教授断数循环】对第二牧人挑衅并无视了第二牧人的招数,第二牧人出于【原则】停止了自己的攻击,返回了深渊巨树。
屏障的全线崩溃,导致活尸大肆入侵地面,执行任务的老师们成功击退了活尸潮流以及棘手的国王级深渊兽之后,七只S级深渊兽猛然现身,将战局定为必败之势,老师们在魔法侧枯朽灯杖大师的掩护下逃回学院,但最光阴却被隅谷抓走。
【剧情五】归来的众人偃旗息鼓,修养生息,此时世界树公然挑战学院,将【第一牧人复活】日期公布,人类高层派出伊甸乐土的【饮金会】分会干部前往阻止,学院人员协助前往,抵达尤特拉深渊巨树之后陷入四名牧人的围攻,第一牧人最终成功复活……
而在另一边被最光阴被希伯索斯以特殊技术强行解放异能,造成了学院的“绝对禁元”状态,活尸潮与深渊兽攻进学院,院长命令执法者队长金烬捕捉了学生零悦,最后学院在院长的操纵下成功开启【浮空城模式】,解决了世界树的进攻,飞向了天空……
断数循环带走一部分了资料和学生,抓到了在逃亡的校董爱丽丝,神秘地离开了学院。
而在一切的背后,院长似乎策划着什么……