凭印象写的剧情简介
第一章 我是刺猬兽！命运的再现
主角在车站等待电车时与手机里的普斯利兽聊天，提及主角之前见了好久未见的朋友。上了电车，普斯利兽建议主角补觉，到目的地时会叫醒他。
睡着的主角被普斯利兽着急的呼唤所唤醒，电车已经化为异空间（Digitalpoint），呈现为数码兽姿态的谜之存在‘Spiral（螺旋）’出现并袭击主角，普斯利兽为保护主角跳出智能手机，进化为刺猬兽。
‘Spiral’越来越多，刺猬兽渐渐不敌，这时拓己与多路兽出现救场。拓己宣称要一人解决‘Spiral’，让弱小的驯兽师主角不要多插手，与多路兽前往电车深处。
主角与刺猬兽前进的过程中遇到亚古兽，亚古兽与刺猬兽迅速亲热起来（吃货梗）。亚古兽帮助主角与刺猬兽打败Spiral，但它们都不知道Spiral究竟是什么东西，只知道它们有着数码兽的姿态，但不是数码兽。
打败Spiral后，电车回归原样。回到现实的刺猬兽了解到自己来到主角所在的人类世界后非常兴奋，亚古兽则不知所踪。
此时，开朗的少女新城美智与她的搭档小狗兽出现。
第二章 和美智的遭遇，与锹形虫兽战斗！
主角与美智、小狗兽相识，附近突然发生数码点化。在解决Spiral的路程上，刺猬兽救了受Spiral攻击的锹形虫兽，锹形虫兽脱离危险后反过来攻击刺猬。
主角等人打败了锹形虫兽，面对因锹形虫的攻击而失落的刺猬兽，主角、美智与小狗出言安慰，刺猬兽重新振作起来。
第三章 孤高的二人，拓己与多路兽
主角随美智来到了咖啡店Truffle，与老板娘千寻相识。千寻知道数码兽们的事情，对刺猬非常友好。
外面突然数码点化，主角与美智出发解决异变。美智介绍了让数码兽进入智能手机的方法，刺猬兽进入主角的智能手机中方便日常走动。
主角半途遇到拓己与多路兽。面对巨大的Spiral，拓己让多路兽进化为多路加兽击败它，临走前说他们独自战斗就行了，弱小的家伙不需要战斗与受伤。刺猬兽怀疑自己是否真的很弱，在主角和美智的鼓励下打起精神，美智回想起看着很眼熟的拓己是咖啡店Truffle的常客。
第四章 点心怎么样？与真由的邂逅
主角与手机中的刺猬兽散步逛街的时候，亚古兽突然出现，向刺猬兽安利鲷鱼烧。刺猬兽对此很有兴趣，与亚古兽吃了鲷鱼烧。
散步到公园，主角组遇到了另一对搭档，擅长制作点心的少女真由与她的搭档管狐兽。真由给亚古兽与刺猬兽吃手制点心曲奇，收获二兽好感。
公园突然发生了异变。主角在数码区域中遇到了猎鹰兽，猎鹰兽在找它的朋友，但因为肚子饥饿没力气继续飞行，吃了真由的点心后振作起来出发。最后一行人遭遇鸵鸟，鸵鸟吃了点心后安定下来，和猎鹰兽一起告别主角等人。
真由的点心大受欢迎，刺猬兽与主角希望还能与她再次相遇。
第五章 守护慧斗！电力兽大奋斗！
商场前，主角与一位背着小提琴的少年相撞，接着遇到了电力兽。电力兽表示它是有搭档的数码兽，并形容了搭档的长相，但它把搭档吓跑了，所以在找他。商场突然发生异变，主角与电力兽前往商场寻找和保护它的搭档慧斗。
主角一行人碰到慧斗，慧斗以为电力兽是某种奇怪的动物，这时Spiral出现袭击慧斗，电力兽保护慧斗，逐渐收获慧斗的信赖。一行人把Spiral打退，慧斗带电力兽回家。
第六章 找出来吧！图书馆的主人·分子兽
主角与美智、慧斗在咖啡店里聊天，谈及图书馆有着奇怪黑影的传闻。刺猬、美智、艾力都表示很好奇，但慧斗不愿前往图书馆，因此主角与美智决定去图书馆见证下黑影的真面目。
到达图书馆时，图书馆却化成了异空间，主角与美智击退Spiral后，遇到了分子兽，原来分子兽就是黑影的真身，因渴求知识的个性停留在图书馆。
面对完全体的分子兽，成长期的小狗兽和刺猬兽感受到了它的强大。但分子兽表示它的大多数力量用来隔离图书馆与外界，所以需要主角等人的力量打败那只巨大的Spiral。
另一边，拓己来到Truffle小坐，第一次见面的电力兽与多路兽聊得很开心。
打败巨大的Spiral后发生了地震，美智与小狗兽及时脱出图书馆，主角和刺猬兽却没有脱出。美智打电话给千寻请求救援。
第七章 进击，多路加兽！救援图书馆！
千寻拜托拓己前往图书馆，拓己虽然觉得很麻烦，还是与美智会合，前往图书馆救人（在路上甩下了美智）。真由因为借书和管狐兽逗留在图书馆，与拓己他们见面。
美智和小狗兽抱怨被拓己抛下，因为看到多路加兽产生了对进化的憧憬，认为小狗兽进化后也会成为方便乘坐的很大的个体。
主角与刺猬兽此时和分子兽被困在图书馆里，分子兽将自己对于数码点化的研究告诉主角，并认为刺猬兽这样感觉敏锐的个体很稀奇。
一行人与主角、刺猬兽会合，解决Spiral。确认渴望知识的分子兽不是坏数码兽后，众人离开图书馆。
第八章 目标是进化！小狗兽猛特训！
渴望进化的美智&小狗兽咖啡店中聊天后推测进化的理由是多战斗，拉上主角前往街上战斗，路上遇到了与群体失散，寻找同伴的蝌蚪兽。找到同伴后，发现蝌蚪兽的同伴们陷入异常，攻击蝌蚪兽。为了拯救同伴，蝌蚪兽进化为怪蛙兽，用歌声唤醒了同伴们。虽然结果上小狗兽没有进化，但美智很快在其他人的鼓励下打起了精神。
第九章 打倒幽灵！友情进化，迪路兽！
慧斗的妹妹希望（のぞみ）来咖啡店做客，与电力兽、刺猬兽等相识，来到咖啡馆的慧斗对此大吃一惊。希望谈起街上的幽灵，数码兽们对此都非常感兴趣，想要去寻找幽灵，希望也想去但被慧斗阻拦，害怕幽灵的美智逞强与主角组上街寻找幽灵。
街上，美智和小狗兽发生口角，互提对方害怕的东西（小狗是浴池），这时发生数码点化，一行人遇到猛鬼兽，原来那就是幽灵的真面目。猛鬼兽的仪式带来Spiral，Spiral与猛鬼兽将主角等人逼入绝境，下定决心一起战斗的美智和小狗兽的友情，让小狗兽进化为迪路兽。
迪路兽与其他人解决危险，美智称赞迪路兽可爱。由于之前美智作过获胜就去泡澡的单方面约定，迪路兽为了毁约退化为小狗兽。
第十章 救援Truffle，裂破兽空气攻击
Truffle的新菜单试吃进行中，Truffle周围却发生了数码点化。亚古兽突然从主角的智能手机中现身试吃点心，之后负责保护千寻。
驯兽师与搭档们兵分两路处理Spiral，真由与拓己因价值观的不同发生冲突，在意自己的弱小的真由在主角的鼓励下打起精神，最喜欢真由的温柔的管狐兽为了守护真由，进化为裂破兽。
事件结束后，一行人在咖啡馆中享受点心，慧斗对数码点化感到信息还不足。