不应该用～は～です 吗？现在是四点，は为什么没有了呢？

今（時間は）九時五十分です。

正常的情况下，如果对话双方知道说的是目前的时间，那么就要省略は。如果不省略，就会产生别的的意思。は是个提示助词，表示的是强调的意思，如果两个人都知道说的是现在的时间，却说「今は四時です」，那对话里肯定还有别的内容，比如，【现在是4点，过一会是就是5点了，就迟到了。。。。】等等。初学者，也可以不省略，别人是听的懂的，但是会有违和感。