一、进水污染
全自动反渗透纯净水设备进水水源为市政自来水经超滤后出水，水质比较理想，但是部分真菌类采用孢子繁殖，给其他微生物制造了良好的生存条件，使真菌等微生物在这些部位迅速繁殖、生长。
二、保安过滤器滋生微生物
全自动反渗透纯净水设备前置保安过滤器是进反渗透前末尾一道过滤设备，其过滤精度只有5μm，截污能力较强，当截留下来的物质聚集在一起的时候就成为了微生物滋生的理想环境，其他同类型设备也多次出现由于保安过滤器内部滋生异物对超纯水设备产生影响的情况。真菌类物质随着进水进入反渗透本体，在反渗透内部大量滋生影响全自动反渗透纯净水设备运行。
三、超滤出水对系统影响
全自动反渗透纯净水设备设计的重要指标之一是系统回收率，提高系统的回收率不仅可以更充分利用水资源，还可以降低预处理工艺的投资规模与运行成本，降低膜系统高压泵的规模与能耗，从而有效提高全系统的效率。