许多人的心目中，肛裂非常简单的疾病，而事实并非如此。典型的肛裂有7种病理改变，因而肛裂的分期也众多而复杂。早期肛裂，裂口新鲜，尚未形成慢性溃疡，疼痛较轻。陈旧性肛裂，裂口已成梭性溃疡，同时有皮赘、肛窦炎或肛乳头肥大，并有周期性疼痛。
溃疡；肛管撕裂伤后，造成局部感染、水肿、充血、毛细血管出血、白细胞浸润、上皮细胞脱落及残留溃疡之创面。溃疡的基地深达栉膜及内括约肌，其周围皮肤有纤维组织增生。
哨兵痔；在溃疡的外端肛缘处，由于炎症刺激，括约肌痉挛，阻碍肛缘血液及淋巴的回流，在溃疡远端有白细胞与淋巴细胞浸润、淤血、水肿、结缔组织增生而形成哨兵痔。
肛乳头肥大；肛乳头在肛管内端，齿线下，由于肛管的炎症刺激或肛窦炎的扩延，而引起肛乳头炎。
肛窦炎；肛裂常因肛窦炎向下扩延而在肛管皮下形成脓肿。脓肿破溃后即残留溃疡，而溃疡又于肛窦借瘘道想通。肛窦反复感染，致使溃疡长期不愈。
皮下瘘：肛窦与肛管溃疡之间，有瘘管想通，相互感染。肛裂手术时，如有瘘道不彻底清除，则难以愈合。