过去为了节约粮食，一般采用观音土、米糠、薯渣为原料来制曲，当然，现在也有观音曲的存在。
现在制曲则以米粉、麸皮为主。大米淀粉含量较高，脂肪、蛋白质的含量较低，结构疏松，是制小曲的主要原料。
例如董酒小曲、厦门白曲、四川邛崃米曲等，都是用米粉，或者加中草药、米糠等制成的。
米粉原料一般制成块曲、粒曲和球曲。以米粉作原料时，通常以早籼米为最好，因早籼米含蛋白质较高，营养丰富。麸皮含大约15%的淀粉，结构疏松，具有良好的透气性、疏松性和吸水性，适合微生物生长，并且资源丰富，价格低廉，是制小曲的主要原料。
在酿酒行业中，为突出麸皮用料特点，特别将其制成的酒曲称为麸皮小曲。麸皮原料通常制成散曲。
制曲除了采用上述原料外，通常还添加一些中草药。历史文献中详细记载了许多添加大量中草药的制曲工艺，涉及的中草药包括胡椒、桂花、茯苓、木香、川芎、桑叶、白芷、生姜、苍耳等。用于小曲酿造的中草药，称之为酒曲植物，其种类十分广泛。
赵富伟等调研了贵州雷公山地区的土酒酿造，对其添加的酒曲植物类别进行整理、鉴定和编目，涉及的酒曲植物多达19 科28 属35 种，并认为大量酒曲植物的工艺传承已经出现流失。添加了中草药的小曲，小曲质量和酒体风味都很突出。添加中草药，除了为微生物提供养分，抑制杂菌的生长，同时改善酒体香味之外，还有一个重要目的是开发保健功效。目前开发出的保健酒很多，例如湖北房县黄酒，该酒添加房县独有的野生蓼子制曲，具有养颜活血，改善睡眠，提高免疫力等保健价值，被誉为“液体蛋糕”。还有云南贵州盛产的天麻酒，该酒添加天麻、人参、枸杞、五味子、当归等名贵中草药制曲，有强腰壮骨、补气活血、益智明目、降压健脑的保健作用。除此之外，还有灵芝酒、柳根酒等。已经发现不少中草药对酒曲中酵母菌和霉菌的生长代谢有促进作用。
张博等研究了蒌叶对小曲质量的影响。证实了蒌叶对根霉菌和酵母的生长有重要影响。制曲过程中添加适量的蒌叶能促进根霉菌和酵母的生长，有利于小曲质量的提高。
周恒刚着重研究了8 种中草药的添加对酵母菌的影响，其中陈皮、甘草、香附子促进了酵母菌的生长及酒精生成，杏仁、肉桂、良姜无明显效果，柴胡、茯苓则对酵母菌生长代谢存在抑制作用。
李新社在小曲中添加辣蓼草、桑叶和何首乌进行制曲研究。结果表明，辣蓼草∶桑叶∶何首乌添加比例为1∶1∶1 或2∶1∶1 或1∶2∶1，最适培曲时间为5d，最适温度为25℃。在此条件下制得的小曲糖化力、液化力和发酵力最高。