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医用废水处理流程如下：
预处理+一级处理+二级处理+深度处理+消毒+出水
改变医用废水水质的过程。主要是杀灭废水中的致病微生物。为了提高消毒效果，在消毒前可对废水进行预处理，包括一级和二级处理。
消毒：
医疗废水消毒处理方法有氯化法、臭氧法、紫外线消毒法。氯化法消毒中主要有液氯法、投氯酸钠和二氧化氯法等三种。
预处理
格栅
用于拦截污水中大块漂浮物，以保证后续处理构筑物的正常运行及减轻处理负荷，为系统的长期正常运行提供保证。格栅设计规格为B=500mm
综合污水调节池
由于来自各时的水质、水量均不一样，一般高峰流量为平均处理量的2-8倍，因此为使污水处理系统连续稳定地运行，并且可调节污水的浓度，所以设计一调节池。该调节池的设计有效容积一般为平均处理量的4-8倍，内置潜污提升泵及回流措施，以保证一定的额定流量提升至污水处理设备。潜污泵选用WQ系列污水泵。该泵为液下型潜水泵，具有无堵塞、使用寿命长、能耗低等特点。调节池设计水力停留时间为10小时，材质为砼制结构。
二级处理
水解酸化池
水解酸化池的主要作用是有效地去除污水中的有机物成分，进一步减少接触氧化池的负荷。内设组合填料，并对池内进行定期间断曝气。
好氧生物接触氧化池
好氧生物接触氧化法是一种较成熟、常用的好氧生物处理技术之一。池内设置组合弹性填料，该填料比表面积达280m2/m3，且水流特性十分稳定，易挂膜，是生物膜生长的最佳场所。好氧生物接触氧化池采用推进式曝气方法，污水在生化池内与水中的溶解氧不断接触并不断推进，以充分使填料上的生物膜与污水中的有机物得到充分接触降解。
好氧生物接触氧化池设计停留时间6小时，气水比为20：1，曝气器为膜片式橡胶曝气器。该曝气器优点为：布气均匀、使用寿命长、氧的利用率高、拆卸方便。
二沉池
好氧生物接触氧化池出水自流进入二沉池进行沉淀处理，以沉淀脱落的生物膜及无机小颗粒。该沉淀池设计为竖流式沉淀池。沉淀池上部设溢水槽，中部为沉淀区，下部为污泥斗。经过沉淀处理的水通过溢水槽进入接触消毒池，沉淀下来的污泥定期排至污泥池进行消化、消毒处理。
消毒池
经沉淀池淀淀后的出水进入接触消毒池，为了保证污水经处理后达到排放标准，必须经过氯消毒、消除有害病菌。消毒剂采用二氧化氯，投加量大于30mg/L（按有效氯计），接触时间大于规定的1h。传染病医院消毒接触时间大于1.5h。