慢性结肠炎和肠炎通常治疗非常困难，长期难以良好控制，一般认为是免疫系统疾病，没有好的治疗方法。但实际上90%以上的慢性结肠炎和肠炎经肠镜检查不能发现红肿溃疡化脓等感染症状，实际应当是肾上腺激素和/或前列腺激素分泌过多引起的内分泌疾病，一部分病人可能还带有过多的肠道有害菌（即厌氧菌或真菌），中医上往往称之为湿气，归类为肠道功能紊乱或肠易激综合征比较合适。肾上腺激素和/或前列腺激素能够调节人体肌肉的紧张程度，激素过多导致胃肠肌肉十分紧张，蠕动过快导致水分吸收不够，大便不成形，稍有刺激就剧烈蠕动导致腹泻。另外，还会影响肠道有益菌合成B族维生素，导致B族维生素缺乏，因而会引发胃酸分泌过多，肠胃粘膜受损等慢性胃炎慢性肠炎症状，故这些病人绝大多数应当补充B族维生素。大约不到10%的这类患者带有炎症症状，当然也是厌氧菌感染引起，补充B维生素和除湿治疗有效。少数病人带有免疫系统异常或过敏症状，可以再加服氯雷他定等消除过敏症状。病人的症状往往不会仅局限于胃肠，比如部分病人带有慢性鼻炎、慢性咽炎、痔疮、感冒多等疾病或状态，其实与肠炎也有关，可以根据病人其他器官的疾病作为诊断的依据，进行对症治疗，往往效果也非常不错。以下对治疗方法进行简单的描述。
根据以上描述，显然这类病人都应当补充B族维生素，具体可以补充复合维生素B、维生素B1和维生素B2，有脂溢性皮炎的还可以补充维生素B6和B12，多数病人如果补充维生素AD和钙片对提高免疫力和保护维持粘膜也有好处。这类病人绝大多数肠道真菌较多，基本上都应当除湿气，特别是带有慢性鼻炎，经常感冒流鼻涕的病人或身体局部有癣的病人，应当除湿，可以服用拼多多上的湿粒清或湿毒清片。带有慢性咽炎症状的病人或痔疮的病人可以加服新簧片，效果相当不错。因为多数病人肾上腺激素分泌过多（约占85%），故带有肠易激症状的病人应当服用谷维素，一天三次，每次5-20片，可以开始时每次服用10片，根据效果好坏再略微调整。如果按以上剂量服用谷维素2-3天基本无效，可以改成服用布洛芬，一天3次，每次2-3片（每片0.1mg），每隔8小时左右服用一次.但应当注意部分患有这种疾病的女性病人在月经期间按上述剂量服用布洛芬很可能剂量不足，可能每次需要服用4-6片，这时服用布洛芬也有消除痛经的作用。部分病人服用B族维生素、除湿药和谷维素明显有效，但仍然肠胃不适，有隐痛或腹胀，这时可以服用新簧片或布洛芬解决，布洛芬服用方法与以上描述相同，这类病人应该肾上腺激素和前列腺激素都过多。部分病人带有中医上说的湿热症状，可以服用新簧片解决，少数带有过敏症状的病人还可以加服氯雷他定，如此肠镜检查没有发现炎性症状的病人大致都能够解决胃肠疾病问题。带有湿热症状的病人如果服用抗湿热的清热解毒类药物，如黄连片等，很容易因肠易激而引发腹泻，但布洛芬和新簧片基本上不会导致腹泻，所以湿热又患有肠易激的病人可以选择这两种药物，对付湿热建议服用新簧片。
对于带有明显炎性症状的病人，治疗时可能更加棘手，但这种病人很少，而且也应当是厌氧菌感染，多数带有自身免疫系统疾病，治疗方法基本上与以上描述相同。即补充复合维生素B、维生素B1、维生素B2等，以及维生素AD和钙片，建议再补充补硒片，加强免疫功能；服用湿粒清或湿毒片除湿；按以上描述服用谷维素和/或布洛芬，消除肠易激；服用新簧片和/或布洛芬，加强消炎和除湿作用，消肿止痛；如果确实有过敏症状，服用氯雷他定。如果以上方法服用药物一周至二周仍然效果不够好，可以以说明书1/3至1/2剂量服用甲硝锉，加强对厌氧菌的抑制。如此应当能够基本解决慢性肠炎和结肠炎问题。
许多人患有慢性胃肠炎，或胃肠经常不舒服，腹胀，腹部隐痛，胃酸过多等，但尚无肠易激症状。这种情况其实也是肾上腺激素或前列腺激素分泌过多，但尚没有多到引发肠易激的程度。显而易见，以上治疗方法也应当适用，因而可以这样治疗：服用维生素B1和B2、复合维生素B、维生素AD和钙片，服用布洛芬或新簧片（布洛芬剂量为每天3次，每次1-2片，每隔8小时一次；新簧片剂量取说明书剂量的1/2到1/3），或服用谷维素（剂量为每天3次，每次5-6片），服用除湿药湿粒清或湿毒清，应该能够解决这些问题。