来个吊大的给扫个盲

艾伦把自己作为人质，逼迫调查兵团参与行动。兵长砍吉克是在演戏，让马莱方认为吉克战死了，这样吉克的爷爷奶奶就安全了

老调查兵团都不信任吉克，高层希望女王吃掉吉克

他们要的不是吉克，是王血

有什么没看懂，因为兵长也否认什么威慑计划，他压根不信任吉克，他想把吉克废了让自己人继承。而老调查兵团的军政府还对吉克半信半疑，准备按吉克说的先让和艾伦碰头启动部分地鸣先

你所谓的老调查兵团是指104届和韩吉他们吧 他们的目的不是让吉克和艾伦见面 而是只是保护艾伦不被杀而已 在当时希干希纳区的情况下 保护艾伦只能帮助佛罗克带新调查兵团击退马来人

兵长是听总统和司令指挥的。

概括版一句话回答：因为兵长不知道马莱打上门来了。
详细说，有三个原因，按时间顺序排是：
①吉克上岛之后兵长就单独执行关押任务去了，与调查兵团总部分离，情报更新慢半拍，②兵团政权内部分裂，耶格尔派崛起，兵团自身的决策命令出现了动荡混乱，③然后马莱打过来了，条件变化使得调查兵团面对的情况此一时彼一时
首先要分清几个主要势力：
扎克雷和皮克西斯等兵团高层；以韩吉和104期为主的调查兵团；搭伙的艾伦+吉克+耶派；兵长的单独行动支部。上述四个势力都有自己的主意，但大前提是都跟马莱为敌。
兵团高层的路线大方向是发动地鸣威慑，几年来都是这么准备的，但他们不信任艾伦和吉克，他俩鬼主意太大了，所以想换个听话的，把地鸣的能力放在可信的自己人手里。地鸣需要始祖巨+王血巨，目前帕岛能用的王血希斯因为怀孕不能变巨人，所以只能换始祖持有者，他们打算让人吃艾伦。而兵长不想杀艾伦，他认为真正危险的是吉克，对帕岛政权来说吉克的威胁比世界进攻还大，搞不好没等马莱打过来帕岛就被吉克搞垮了。兵长认为能通过再次制造像雷贝里欧那样的袭击来拖延世界进攻的时间，等到女王生产完毕就行了，所以现在就把吉克吃了也可以。兵长做这个决定的时候得到的情报仅截止到扎克雷被暗杀，不知道马莱已经在打上门来的路上了，他不知道没时间了。
104期为主的调查兵团则是刚调查出红酒的秘密就被耶派抓走关起来了，然后一出门就是马莱大军糊脸。首先，要是在这里被马莱抢走始祖就彻底玩完了，他们没有选择的余地；其次，阿尔敏相信艾伦不会执行吉克的安乐死计划；最后，吉克已经摆脱兵长赶过来了，木已成舟你也没办法。所以这个时候调查兵团+耶派+兵团高层又暂时一致对外打马莱了。

为什么不早杀，留着干嘛。还把自己炸残废了

老调查兵团不是大部分葬送在玛利亚夺还战中了吗？新兵团一大波都是艾伦的狂热粉丝，艾伦独断独行，私自与艾莲娜接触，然后直接出走并策划了里贝里昂奇袭战。这时候调查兵团领头到底是韩吉还是帕拉迪岛民意还是艾伦？兵长根本不信吉克，艾伦也根本不鸟韩吉，分崩离析是迟早的事

首先，所有人都觉得吉克是BYD，所以兵长要砍他
第二，104期掩护艾伦跟吉克碰头是因为马来已经打到岛上了再不碰头就全完寄吧蛋了，所以只能碰一碰了

老调查兵团不是因为马莱来了才改变计划的吗？这个改变主要是阿尔敏的嘴炮，让大家相信艾伦，否则也不会支持艾伦和吉克接触。
但兵长没收到改变计划的信息，因为是之前的计划。