当今农村污水处理的一个突出问题就是在农村生活污水处理工程实施的同时，“晒太阳”工程情况仍然时有发生。存在有钱打造无人运维，缺乏对需求和处理量的相应标准，以及对如何长期运维的考虑。
当前，农村污水处理需要制度保障，规划前提，监控管理和长期运行维护。农村污水处理市场的发展时间还很短，需要更多规范性文件。
我国版图幅员辽阔，模板式的治理方式显然不适合分散于全国各地的数百万村落，因地制宜是最佳的解决方案。不论是一村一镇为单位，还是按地形地势海拔气候等因素区分，都能够看到更有效的成果。

选择农村污水处理方法十分重要，并且必须正确使用才能理解其价值。例如，对乡镇人后按用途分类，可以使用的生活污水处理类型包括城乡处理，村庄处理类型包括集中处理和农户分散处理。这样的分级就可以完成从稠密到松散的污水处理全覆盖。

此外，农村污水处理模式和技术还可以按照区域划分。包括中南地区、西南地区以及西北干旱地区，针对各自地理、气候、人口、经济、基础建设等条件的不同，各自选用的发展模式和工艺略有差异。但是总体而言，农村污水处理方式的选择要统筹考虑一系列因素，逐步缩小选择范围，提高处理效率。