比对序列的方法有很多种，其中最常用的是基于比对算法的软件，如Bowtie、BWA、BLAST、MAFFT等。这些软件通过将测序数据与参考基因组或数据库中的序列进行比对，找出相似的序列，从而确定样本中的基因或变异。比对结果可以用于分析样本的基因型、表达水平、变异情况等。